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一、企业合并时有关流转税的纳税处理
（一）增值税
企业合并实质上是被合并企业整体资产的产权转让给合并方，或被合并企业股东以放弃被合并企业股权为代价获得合并企业的股权。
那么，被合并企业的所有货物转移到吸收合并企业或新设企业时，应执行“国税函[2002]420号”文中规定：“企业产权整体转让过程中涉及的货物转移不征收增值税。”被合并企业的货物不作视同销售处理，自然也不应向合并方开出增值税专用发票。被合并企业尚未抵扣的增值税进项税额可结转到合并后的企业继续抵扣，当然，其未交税金也应由合并后的企业承担纳税义务。被合并企业已收到货物但在合并时尚未收到增值税发票的，以后在收到时，只要发票经过认证无误，且纳税人登记号属于被合并企业合并前的号码，则可由合并后的企业予以抵扣。被合并企业合并前销售的货物在合并后被退回的，在取得了规定的退货凭证或证明材料后，可由合并企业冲减其销项税额。
（二）营业税
被合并企业转移到合并企业的无形资产、不动产等，如果合并方式是现金收购，则企业合并可视为一项整体产权转让，随同整体产权转让到合并企业的不动产就符合“国税函[2002]165号”中规定的不征收营业税的规定；如果企业合并方式为换股合并，被合并企业及其股东未因此而获得营业收入，不符合税法中规定的应税收入确认条件(税法规定营业税的纳税义务发生时间为纳税人收讫营业收入款项或者取得索取营业收入款项凭据的当天)，或者从计税角度看，我们可将换股合并理解为被合并企业的股东以被合并企业的整体资产对合并企业投资，而税法中规定企业以无形资产和不动产对外投资是不征收营业税的，所以企业合并时并入的不动产不应征收营业税。但合并后的企业如果要转让这部分不动产，按“国税发[2003]16号”文计算缴纳营业税的计税原值应为其在被合并企业的账面原值。
二、企业合并时有关企业所得税的纳税处理
在国家税务总局《关于企业合并分立业务有关所得税问题的通知》(国税发[2000]119号，以下简称“119号文”)中规定：“企业合并包括被合并企业(指一家或多家不需经过法律清算程序而解散的企业)将其全部资产和负债转让给另一家现存或新设企业(简称合并企业)，为其股东换取合并企业的股权或其他财产，实现两个或两个以上企业的依法合并。”显然，其所定义的企业合并主要针对吸收合并和新设合并。
不管采用何种方式进行企业合并，在财产清查阶段所发生的财产盘亏、毁损、报废等，在报经税务机关批准后方可在被合并企业的税前扣除。其他方面的纳税处理，则随合并方式的不同而有所区别。
1．应税合并重组
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