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一、综合结论：
增值税发票不能单独作为证明存在合同关系或已履行标的物交付义务或支付货款的证据直接予以认定。因为开票与交货是两个不同的法律关系，受不同的法律调整，开具增值税发票是依照《增值税暂行条例》等有关法律法规来实施的，是其缴税的凭证。而交货则是依据平等主体所签订的合同来操作的，受《合同法》调整。卖方出票和买方抵扣事实仅应对买卖双方是否履行交付义务起到间接证明的证据作用。增值税专用发票能否作为买卖合同的交付凭证应根据交易习惯或实际交易情况予以分析认定。
二、简要论证
（以下两段，引自浙江金汉律师事务所徐德林《增值税发票不能单独作为认定买卖合同关系的依据》一文）—
1、法院在审理涉及增值税专用发票作为买卖合同交付证据的案件过程中，原则上虽不宜将其作为买卖合同相对方履行交付义务的直接证据予以采信，但也不宜轻易否认其作为间接证据所具有的证明效力，只有经审理查明与事实明显不符或当事人争议较大，且无相关证据相佐证时方可予以排除。在审判实践中绝非所有案件均不能采信增值税专用发票作为相对方已实际履行给付义务的交付凭证，审理中应注意结合当事人争议焦点和按照“谁主张谁举证”的原则，对负有举证责任的当事人不仅要求其完成提供形式证据的责任，还要求其所提供的证据能够形成完整的证据锁链，使之所提交的证据达到足以证明其主张事实的标准，从而才能判断应否支持当事人提出的诉请。审判中的下列情况下，增值税专用发票可以作为定案证据予以采信：
1)、双方当事人对交付或支付本身无异议；
2)、增值税专用发票的出具和抵扣符合双方的交易习惯，且该交易习惯有相关证据证明；
3)、增值税专用发票的出具和抵扣与合同约定或其他证据能够形成完整的证据锁链，足以证明买卖合同一方当事人履行了交付或给付义务；
4)、与有关税务机关或司法机关对当事人对与本案有关的虚开增值税专用发票的行为进行认定和处理的决定或裁判文书相互印证。
2、在买卖等合同关系中，发生纠纷时如果没有合同又没有送货单等书面证据，仅凭已经入账结扣的增值税发票一般情况下是不能单独作为证明双方买卖关系成立的依据。在经济交往中，交易双方在达成交易意向时最好要签订书面合同，写清合同金额、产品规格等主要条款。在合同的具体履行过程中，注意收集送货单、接收单或进仓单入库单等书面证据，以免在可能的诉讼中处于被动而造成不必要的经济损失。
三、法院实践—— （引自部分省直辖市高级法院有关指导性文件）
山东省高级人民法院：
问：增值税发票能否作为付款或者交付货物的证据
答：增值税发票是兼记供货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明。在现实商业交易中，既有先付款后开具发票的情形，也有先开具发票再付款的情形，既存在着先交货后开具发票的情形，也存在着先开具发票后交货的情形，甚至存在着很多代开发票现象，情形不一而足。因此，在审理买卖合同纠纷案件中，增值税发票一般不能单独作为支付价款的证据；也不能单独作为货物交付的证据。司法实践中，应综合当事人的约定、商业惯例和交易习惯等因素来加以认定。
浙江法院：
浙江省高级人民法院民事审判庭曾以会议纪要的形式明确表示在口头买卖合同中，增值税发票一般情况下可以作为认定双方当事人存在买卖合同关系的依据。也许正是因为该会议纪要，浙江省内各法院尤其是各地基层法院，在处理涉及增值税发票的买卖合同纠纷案件时，大多参考该会议纪要的精神，支持凭增值税发票主张权利的一方的诉讼请求。
重庆法院：
问：原告要求支付价款，被告抗辩称已支付价款并以原告开具的发票为证据时，应如何确定原被告的举证责任？
答：由于交易的不规范，实践中常有“先开发票后付款”的情况并容易产生纠纷。处理此类案件:
第一，根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第5条第2款规定“对合同是否履行发生争议的，由负有履行义务的当事人承担举证责任”，对合同是否履行发生争议的由负有履行义务的当事人承担举证责任，故被告应对是否支付价款负举证责任。
第二，在一般情况下被告出示的发票应认定为已支付价款的证据。根据我国《发票管理办法》第3条，“发票是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证”，因此在被告出具发票后，一般情况下其证明责任已足，是否付款的行为意义上的举证责任则转移至原告。
第三，原告如果仅以“先开票后付款”反驳而没有其他证据，其请求则难以得到支持，如原告从双方的交易惯例、双方的往来帐目、银行帐户等方面进行证明，有充分的证据表明被告并未付款，也可以确认其反驳证据的证明力。
上海市高级人民法院：关于增值税发票证明力的相关问题
1、在买受人否认双方之间存在买卖关系的情况下，增值税发票能否单独作为认定双方买卖关系存在的依据？
增值税专用发票只是买卖双方的结算凭证，在没有其他证据予以印证的情况下，并不足以证明双方存在买卖关系。但增值税专用发票不仅记载有货物的名称、规格型号、单位数量，还标明了单价和金额，一旦买受人向税务机关进行申报抵扣，本身就是对双方买卖关系的一种自认。因此，出卖人如果提供税务机关出具的买受人抵扣税款的证明文件，该证据就和增值税专用发票相互印证，在买受人不能提供充分的相反证据的情况下，法院应当根据《最高人民法关于民事诉讼证据的若干规定》第72条第1款规定，认定双方存在买卖关系。
2、在买受人抗辩未收到货物而无付款义务的情况下，仅有增值税专用发票的记账联和税务机关出具的买受人抵扣税款的证明文件，能否作为认定出卖人已履行了交货义务的依据？
买受人根据增值税专用发票申报抵扣税款，虽然与收到对方货物之间有相当的联系，但还不具有绝对的、必然的对应关系。商事主体，在商事活动中应当遵循严格的财务纪律，买受人已经将增值税专用发票抵扣，其财物帐册上应有相应的记录和财务凭证。因此，出卖人提供了增值税专用发票和税务机关出具的买受人抵扣税款的证明文件，买受人在其有能力提交相关证据证明其申报抵扣的合理理由情况下，无正当理由拒不提供的，应当依据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第75条的规定，推定出卖人已经履行了交货义务。
法院应当要求出卖人，对仅有的增值税专用发票及税务机关出具的买受人抵扣税款的证明文件的情况做出合理解释，并审查其合理性。同时，要尽量调查收集相关证据，进行综合审查判断。
3、在出卖人要求买受人支付货款的情况下，仅有增值税专用发票及税务机关出具的买受人抵扣税款的证明文件，能否证明买受人已经履行了付款义务？
在买卖合同中，因增值税专用发票记载的全面性，它就具有了确定最终应付货款准确数额的作用。一般情况下，在交付货物的同时，或者在交付货物后，最迟在结算之前，由出卖人向买受人开具增值税专用发票，买受人再依据开具的增值税专用发票所确定的货款数额进行结算。故仅有出卖人开具的增值税专用发票，即使有税务机关出具的买受人抵扣税款的证明文件，也不足以证明买受人已经履行了付款义务。但是根据买卖合同当事人的交易习惯和合同约定，是以增值税专用发票作为付款凭证的，可以认定买受人已经履行了付款义务。
法院应当要求出卖人，对仅有的增值税专用发票及税务机关出具的买受人抵扣税款的证明文件的情况做出合理解释，并审查其合理性。同时，要尽量调查收集相关证据，进行综合审查判断。
4、买受人支付货款后，出卖人未开具增值税专用发票的，买受人向法院起诉，请求法院判令出卖人开具增值税专用发票，法院是否应予受理？
根据《中华人民共和国合同法》第136条和《增值税专用发票使用规定》第10条的规定，出卖人给付增值税专用发票为法定义务，是出卖人必须履行买卖合同的从给付义务。从给付义务与附随义务的主要区别之一，就是从给付义务与主给付义务联系更为密切，其存在的目的就在于补助主给付的功能，而随附义务是辅佐实现给付义务的。在买卖合同中，增值税专用发票的提供与出卖人的主给付义务—交货，关系最为密切，事关买受人利益的实现。如果出卖人不提供增值税专用发票，买受人的进项税额一部分就不能抵扣，其权利就受到损害。所以买受人可以单独诉请出卖人履行给付增值税专用发票的从给付义务，对此法院应当予以受理。
附件—
上海规定-关于当前商事审判若干问题的意见
上海案例-增值税发票作为关键证据使用的证明标准
山东规定-合同纠纷审判实践中的若干疑难问题
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