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一起未经备案的特殊重组补税案例（选自中央财经大学学报《特殊性税务处理与税收中性原则——论我国企业重组税制股权支付的问题与出路》作者：李辉、周玉栋）
【案例】S公司的注册地址在青海省西宁市，注册资本为人民币8亿元，其唯一股东为注册地址同在青海省西宁市的C公司。
G公司注册地址在陕西省咸阳市，分别持有咸阳市D公司85%股权及咸阳市E公司15%股权。D公司及E公司的注册资本分别为人民币10亿元及人民币5,000万元。
2011年12月，因业务重组需要，C公司将其持有的S公司90%股权转让给G公司，股权转让对价为G公司持有的D公司85%股权。股权转让完成，S公司及D公司原来的实质性经营活动未发生改变，且C公司及G公司均未转让其所取得的股权。转让各方经研究认为本次股权转让已经满足《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）（“《通知》”）规定的采用特殊性税务处理的条件，一致选择采用特殊性税务处理，并于股权转让当月完成工商变更登记。
2013年4月，税务机关对本次股权转让进行核查的过程中，发现本次股权转让采用特殊性税务处理但未经事前备案。遂通知C公司本次股权转让因未按照法律规定事前备案，不得采用特殊性税务处理，其将对本次股权转让进行特别纳税调整，C公司应补缴所得税税款及加息。
这个案例发生在2013年，刚看到这个案例的时候我也误以为是税务当局认为企业不满足特殊性税务处理条件而不允许企业适用特殊性税务处理。因为这里的收购方支付的对价是其持有的下属企业股权，国内有类似案例税务局的同志认为其不符合权益的连续性原则而无缘特殊重组。
本案例的关键在于在于，税务局要求C公司补税的理由是因为该该重组没有按照59号文的规定进行备案。59号文件第11条规定，企业发生符合本通知规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。企业未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。由于具体的重组的具体办法出台比较晚，在国家税务总局公告2010年第4号中又有一个衔接性规定，2008、2009年度企业重组业务尚未进行税务处理的，可按本办法处理。也就是说对于2008、2009年度的重组业务，可以补充备案。但这个案例是2011年12月，此时4号公告已经公布一年多，不宜在允许其补充备案，因此涉及补税。这里的一个重要原因就是在于特殊性税务处理并不是要求企业强制适用，允许企业自行选择。
如果这个案例被检查的实践再晚一些，也许还会有转机，一个重要的原因就是在于税务机关能不能用程序上的瑕疵来剥夺纳税人在实体上适用特定政策的待遇。这个企业可能会认为，我毕竟还是符合特殊性税务处理的条件的。2014年9月15日发布的《国家税务总局关于税务行政审批制度改革若干问题的意见》（税总发〔2014〕107号）特别指出，各级税务机关应当严格区分行政审批和备案管理方式，不得以事前核准性备案方式变相实施审批。实施备案管理的事项，纳税人等行政相对人应当按照规定向税务机关报送备案材料，税务机关应当将其作为加强后续管理的资料，但不得以纳税人等行政相对人没有按照规定备案为由，剥夺或者限制其依法享有的权利、获得的利益、取得的资格或者可以从事的活动。纳税人等行政相对人未按照规定履行备案手续的，税务机关应当依法进行处理。
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