如何理解皖地税函[2007]311号文件第2条的规定？

咨询问题： 如何理解皖地税函[2007]311号文件第2条的规定？ 
  
咨询内容：法规处领导：

你们好！我是税务师事务所一名工作人员，我们在给房地产公司作土地增值税清算时，常常遇到这样的情况：
就是清算项目中既有普通住宅又有非普通住宅这种情况下，如果分开计算增值额，非普通住宅有增值，而普通住宅没有增值或增值很少。而如果不分开计算增值额，而是以整个开发项目为基准计算的话，就会出现整个开发项目没有增值额这种情况，由此面临的问题就是客户不旦不需要补交土地增值税返而对以前预缴的土地增值税有要求全额退税的可能性，在这种情况下纳税人住住以皖地税函[2007]311号文中第2条“纳税人开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅，不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，依照《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》财税字[1995]第048号规定，其建造的普通标准住宅不能适用条例第八条（一）项的免税规定，此时，应以整个开发项目（包含普通住宅和非普通住宅）为基准，计算征收土地增值税。”的规定要求以整个开发项目为基准来计算土增值税值。

针对以上情况，我想请教如下几个问题：
（1）对皖地税函[2007]311号文件的第2条的规定，纳税人是否有权力决定选择分开核算还是不分开核算增值额？

（2）如果有这种选择权的话那是否意味着纳税人可以根据自利行为原则选择对自己有利的方式进行土地增值税清算？

（3）如果上述两个问题答案是肯定的，那皖地税函[2007]311号文件第2条是否违被了国税发[2006]187号文中“开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额”的规定呢？

回复内容：
1、土地增值税暂行条例实施细则第八条规定，土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。

2、 关于同一项目中既有普通住宅又有非普通住宅情况下，是分开核算还是不分开核算增值额问题，最早起源于《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》财税字[1995]第048号文件，该文件第十三条规定：“对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额 。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用条例第八条 （一）项的免税规定。 ”之后财政部国家税务总局有关此方面的规定一直没有废止此条，在历次废止文件清理中也没有此条，此条款一直有效。

3、细则第十一条规定，“符合上述免税规定的单位和个人，须向房地产所在地税务机关提出免税申请，经 税务机关审核后，免予征收土地增值税。”因此房地产开发企业建设普通标准住宅免税问题属于审批类减免税。对于审批类减免税，按照行政审批的规则一般是纳税人申请，税务机关审批。税务机关不能在没有纳税人申请的情况下直接审批。

4、根据征管法的规定，纳税人有申请减免税的权利。对于纳税人来说，其既有申请减免税的权利，当然也有放弃的权利。申请普通标准住宅减免税既然属于纳税人的权利，也就意味着纳税人在对待这项权利时可以从自身利益出发予以综合考虑，如果申请这项权利的收益大于放弃这项权利的收益，纳税人可以申请；如果放弃这项权利的收益大于申请这项权利，纳税人可以放弃，一切取决于其自身的判断。

5、皖地税函[2007]311号文件除了有您所说的第2条规定，也有其他规定，这些规定要求纳税人申请普通标准免税的，必须分开计算。 至于您提到的“国税发[2006]187号文中‘开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额’的规定”，实际上这个条款只是对财税字[1995]第048号文件第十三条前半段的重申，并未涉及后半段。皖地税函[2007]311号文件第2条，是针对财税字[1995]第048号文件第十三条整段条文在安徽省执行时的具体规定，两者并无冲突之处。

回复部门：安徽省地方税务局劳务财产处     答复时间：2011-07-05 08:48

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