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一、案例实况
某有限合伙基金公司的出资情况如下：A公司（系在中国上海设立的一家私募股权投资基金管理公司，主要从事高新技术企业投资）出资1000万元；B公司（系中国上海的一家具有高新技术企业资质的先进装备制造企业）出资2000万元；C企业（系某有限合伙型基金）出资4000万元；D（系浙江宁波人，主要从事风险投资）出资3000万元；E（系香港特区人，在国内没有住所也不居住，非中国居民纳税人）出资10000万元。A公司作为普通合伙人，其他投资者均为有限合伙人。
2012年2月1日，该基金公司根据托管人的基金决算报告，获取被投资方分回的股息红利4000万元，委托贷款利息收入2000万元，取得管理顾问收入2000万元，某项投资损失3000万元，基金年度所得5000万元。按照合伙协议，将2012年基金所得的80%按照出资比例向各位合伙人分配收益：A 为200万元；B为400万元；C为800万元；D为600万元；E为2000万元。该合伙基金的注册地主管税务机关，要求该基金履行对D、E两个有限合伙人个人所得税的代扣代缴义务。D和E究竟应按照什么税目缴纳个人所得税，该基金公司困惑了。
二、涉税争议
根据《财政部国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008]159号，以下简称“财税[2008]159号文”）第三条的规定：合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。主管税务局机关和涉税企业对于不同的合伙人分别进行税务处理，这一点没有争议。但是在对有限合伙人当期应纳税所得额计算、适用应税项目的认定及基金公司是否应履行代扣代缴义务上产生重大分歧。
第一种观点认为：仅就有限合伙人当期取得的收益，应按照“利息、股息、红利所得”应税项目计缴个人所得税，由有限合伙人自行申报缴纳个人所得税，基金公司无需履行代扣代缴义务。
按照“先分后税”原则，合伙企业不是一个独立的纳税实体，仅是合伙人的投资管道和税收管道。有限合伙人取得的基金收益在所得性质上，应和合伙企业层面取得所得性质保持一致。另根据《国家税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》执行口径的通知（国税函[2001]84号，以下简称“国税函[2001]84号文”）第二条规定：个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。所以有限合伙人应该按照“利息、股息、红利所得”计缴个人所得税。
根据财税[2008]159号文第二条的规定：合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。并根据《国家税务总局关于做好受理年所得12万元以上纳税人自行纳税申报工作的通知》（国税发[2006]164号）的规定，基金公司无需履行代扣代缴义务。
第二种观点认为：应根据基金公司的年度所得，按照合伙协议的分派比例确定有限合伙人的应税所得，按照“个体工商户的生产经营所得”和“利息、股息、红利所得”两个应税项目分别计缴个人所得税，基金公司在分派收益时必需履行代扣代缴个人所得税的义务。
合伙企业是一个独立纳税实体，“先分后税”原则的适用并不改变其独立纳税的税收地位。根据《财政部国家税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税[2000]91号，以下简称“财税[2000]91号文”）第四条、第五条的规定：个人独资企业和合伙企业（以下简称企业）每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照《个人所得税法》的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。收入总额，是指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括商品（产品）销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。第五条的规定：合伙企业的投资者按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额，合伙协议没有约定分配比例的，以全部生产经营所得和合伙人数量平均计算每个投资者的应纳税所得额。前款所称生产经营所得，包括企业分配给投资者个人的所得和企业当年留存的所得（利润）。
国税函[2001]84号文只是对合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利规定了例外处理，不并入合伙企业的收入。对于合伙企业的其他经营性所得应该正常按照“个体工商户的生产经营所得”的应税项目计缴个人所得税。
根据《个人所得税代扣代缴暂行办法》（国税发[1995]65号，以下简称“国税发[1995]65号文”）第二条的规定：凡支付个人应纳税所得的企业（公司）、事业单位、机关、社团组织、军队、驻华机构、个体户等单位或者个人，为个人所得税的扣缴义务人。所以基金公司理应在分派收益时履行个人所得税的代扣代缴义务。否则，应由基金公司根据国税发[1995]65号文第十一条的规定计算应扣未扣的税金、滞纳金和罚款。
三、案例实况分析
各地方政府为了促进本地区股权投资企业的发展，依据《中华人民共和国个人所得税法》、《中华人民共和国个人所得税法实施条例》、国税发[1995]65号文、财税[2000]91号文、国税函[2001]84号文、财税[2008]159号文对合伙人的税收征管进行了有益的探索，本文择取重点省市简述如下。
1.北京。根据《北京市金融工作服务领导小组办公室北京市财政局北京市国家税务局北京市地方税务局北京市工商行政管理局关于促进股权投资基金发展的意见》（京金融办[2009]5号）第三条、第四条的规定，合伙制股权基金和合伙制管理企业的合伙人应缴纳的个人所得税，由合伙制股权基金和合伙制管理企业代扣代缴。其中通过法人单位分得的个人所得，由该单位负责代扣代缴个人所得税。合伙制股权基金中个人合伙人取得的收益，按照“利息、股息、红利所得”或者“财产转让所得”项目征收个人所得税，税率为20%。
2.上海。根据《上海市金融办、上海工商局、国税局、地税局关于本市股权投资企业工商登记等事项的通知》（沪金融办通[2008]3号）第五条的规定，由合伙人分别缴纳所得税；不执行有限合伙企业合伙事务的自然人有限合伙人，其从有限合伙企业取得的股权投资收益，按照《中华人民共和国个人所得税法》及其《实施条例》的规定，按“利息、股息、红利所得”应税项目，依20%税率计算缴纳个人所得税。 |
