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一、交通运输业增值税一般纳税人纳税申报流程说明：
纳税人首先需要到办税服务厅进行货物运输业增值税专用发票税控系统报税，报税成功后可领购发票（反写监控数据）；然后通过网上办税平台进行申报，系统自动触发“一窗式”票表比对，比对通过后，纳税人申报信息写入到征管系统，网上办税平台提示纳税人申报成功。
若纳税人未按上述流程办理，未进行报税就通过网上办税平台申报，则系统会提示：“一窗式”比对未通过，请进行报税。纳税人需到办税服务厅先办理报税，然后再次通过网上办税平台发送申报数据，系统自动触发“一窗式”票表比对，比对通过后，纳税人申报信息写入到征管系统，网上办税平台提示纳税人申报成功。
若因申报数据有误等原因造成“一窗式”比对未通过，则纳税人只需重新修改申报数据后重新确认申报即可。
二、有应税货物、劳务或现代服务业应税服务与交通运输业应税服务的增值税一般纳税人（既是防伪税控系统纳税人也是货物运输业增值税专用发票税控系统增值税一般纳税人）：
纳税人首先需要通过网上办税平台进行申报；然后到办税服务厅进行报税，首先进行货物运输业增值税专用发票税控系统报税，再进行防伪税控系统报税；系统自动触发“一窗式”票表比对，比对通过后，纳税人申报信息写入到征管系统，网上办税平台提示纳税人申报成功。
三、原增值税一般纳税人和现代服务业增值税一般纳税人：
纳税人首先需要通过网上办税平台进行申报；然后到办税服务厅进行防伪税控系统报税，同时自动触发“一窗式”票表比对，比对通过后，纳税人报税成功（清空本次抄税数据，可以领购发票），同时纳税人申报信息写入到征管系统，网上办税平台提示纳税人申报成功。
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