《通知》规定，对于纳税人价格明显偏低或者偏高且不具有合理商业目的的应税行为,税务机关有权确定销售额。合理商业目的作为税务机关判断纳税人法律形式与经济实质的标准，在企业所得税中已被广泛使用：其实早在106号文中已被采纳，但在流转税领域如何判断合理商业目的一直未得到明确。《通知》对“合理商业目的”的定义给出解释，即纳税人以谋取税收利益为主要目的, 通过人为安排,减少、免除、推迟缴纳增值税税款,或者増加退还增值税税款的行为，将被判定为“不具有合理商业目的”。
按照增值税的总体原理，增值税应纳税额等于销项税额减去进项税额，增值税仅对增值部分征税。但考虑到实践中部分特殊业务因无法取得抵扣凭证，导致无法准确计算“增值额”，所以《通知》引入差额征税政策，允许融资租赁、航空运输、经纪代理、旅游服务等业务收取的销售额扣除特定支出后，以余额计算缴纳增值税。 《通知》要求，以上提到的扣除特定支出应当取得合法有效凭证。同时，《通知》规定即使取得的差额扣除凭证同时属于增值税抵扣凭证，纳税人也不得选择抵扣进项税额，而只能进行差额扣除。
《通知》规定，纳税人购进不动产取得合法有效凭证，可以抵扣所含进项税额。中国自2009年将动产固定资产纳入抵扣，此次将不动产纳入抵扣范围后，将完整实现规范的消费型增值税制度，对于完善抵扣链条、解决重复征税将是重大利好。纳税人应关注《通知》中的具体抵扣方式及管理要求，及时取得相关增值税专用发票，并在180天内扫描认证或在系统中勾选，确保足额抵扣进项税额。 《通知》规定，除融资租入的不动产以及在施工现场修建的临时建筑物、构筑物外，纳税人购入不动产进项税额分2个年度抵扣，第一年抵扣60 %，第二年抵扣40%。中国增值税抵扣历来采用购进扣税原则，纳税人取得合法有效凭证当期即可以抵扣全部进项税额，因此分期抵扣将带来会计核算及纳税申报等一系列操作性问题，纳税人应重点予以关注。
《财税[2016]36号》规定，贷款服务（如利息支出），以及接受贷款服务向贷款方支付的直接相关投融资顾问费、手续费、咨询费等，进项税额不得抵扣。这使得贷款利息这种最为常见的金融服务支出将不纳入抵扣范围。《通知》并未解释上述规定是出于财政收入考虑还是税收征管原因，纳税人应密切关注官方的政策解读及后续文件。 此外，《通知》也规定旅客运输服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务不得抵扣。对于是否将此类容易被用于集体福利、个人消费的应税项目纳入抵扣，纳税人即使取得上述服务的抵扣凭证，也不得抵扣进项税额。虽然如此，鉴于同样易混为自用的小汽车、游艇却已在2013年被纳入抵扣范围，因此纳税人可以实时关注政策的后续变化。
《通知》规定，因用于简易计税、免税、集体福利或者个人消费而未抵扣的固定资产、无形资产、不动产，如发生用途改变而用于允许抵扣项目，可在次月依据合法有效凭证按照净值计算抵扣；而原增值税制度下未针对此种情况做出过规定，因此过去纳税人很可能无法抵扣进项税额。另一方面，纳税人因改变用途而不得抵扣时，需依据一定方法转出进项税额。现在，《通知》的规定使得抵扣规则更加务实合理，纳税人应同时注意具体抵扣方法，特别是当抵扣凭证已过认证期限后的解决途径。
《通知》同时将四大行业的部分跨境应税行为纳入零税率或免税管理。如提供工程项目在境外的建筑服务，为境外单位之间的货币资金融通及其他金融业务提供的直接收费金融服务。试点纳税人应及时掌握相关管理规定，确保充分享受政策。 建筑业、房地产业
《财税[2016]36号》规定，建筑业、房地产业（不动产租赁,销售不动产,销售土地使用权）适用一般计税方式，税率11%。建筑业与房地产业作为同一产业链条的直接上下游环节，相同税率有助于实现两行业纳税人的税负均衡。两行业税率均较原营业税税率有所上升，纳税人需合理选择过渡政策、适用差额征税政策、及时取得进项税额。同时，纳税人能否通过合理的商业安排将增值税向下游环节转嫁将变得尤为关键。
为避免因建筑业行业特点导致营改增初期税负上升，《通知》规定，《建筑工程施工许可证》注明的合同开工日期在2016年4月30日前的建筑工程项目，未取得《建筑工程施工许可证》，建筑工程承包合同注明的开工日期在扩围日期前的建筑工程项目为老项目，可以选择适用简易计税方法计税。纳税人需结合主要物资采购情况、下游环节房地产纳税人抵扣需求，测算不同处理的税负影响，选择适用政策。
《通知》同样为房地产业制定了过渡政策。一般纳税人销售扩围日期前取得（不含自建）的不动产，可选择简易计税方法，以全部收入减去购置价或作价后，按照5%征收率预缴增值税；一般纳税人销售其扩围日期前自建的不动产，可以选择适用简易计税方法按照5%征收率计税；房地产开发企业中的一般纳税人，销售自行开发的房地产老项目，可以选择适用简易计税方法按照5%征收率计税；一般纳税人出租扩围日期前取得的不动产，可以选择按照5%征收率预缴增值税。纳税人同样应结合主要物资采购情况，测算不同处理的税负影响，选择适用政策。
《通知》规定，一般纳税人以清包工方式提供的建筑服务、为甲供工程（发包）提供的建筑服务，可以选择3%征收率的简易计税方法计税。这使得营改增政策中的简易计税范围进一步扩大。对此两类业务提供简易征收政策，主要考虑纳税人收取的价款中主要为人工费、管理费及辅料费用，且营改增前购入的存量资产和人工成本均不得抵扣。纳税人需综合测算税负影响及下游环节抵扣需求，慎重决策。 |
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