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一、案情简介
甲公司于2013年向A公司增资，向A公司投入人民币1000万元，其中：500万元计入A公司股本，500万元形成股本溢价计入资本公积。增资后，甲公司持有A公司40%的股权。
2014年A公司将甲公司增资形成的资本公积500万元转增股本。
2015年甲公司转让其持有的A公司40%的股权，取得转让对价2000万元。甲公司计算出股权转让应纳税所得额为80万元（股权转让收入2000万元-股权成本1000万元-享有的资本公积转增股本的份额500万元*40%），并相应计缴企业所得税。
2016年税务机关对甲公司进行稽查，发现其2015年的股权转让事项，认为股权溢价形成的资本公积500万元转增股本，甲公司不得相应增加其股权的成本。最终下发《税务处理决定书》，要求甲公司补缴相应企业所得税及滞纳金。
二、华税观点
（一）被投资企业将股权溢价形成的资本公积转增股本，企业股东不得增加股权的计税基础
《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）规定，被投资企业将股权（票）溢价所形成的资本公积转为股本的，不作为投资方企业的股息、红利收入，投资方企业不得增加该项长期投资的计税基础。为什么国税函〔2010〕79号会作出这种规定？
《企业会计准则——应用指南》规定，资本公积科目核算内容为企业收到投资者出资超出其在注册资本或股本中所占的份额以及直接计入所有者权益的利得和损失等。因此，被投资企业收到投资者出资超出其在注册资本或股本中所占的份额的部分，在会计处理时会确认股权（票）溢价形成的资本公积。而对于企业股东在投资后的会计处理，无论企业股东是将该投资作为长期股权投资还是金融资产核算，按照企业所得税法的规定，该股权资产的计税基础都应该按照其历史成本确定。
本案中，甲公司取得的A公司40%的股权的计税基础应为其投入的1000万元，其中已经包括了A公司计入股本的500万元以及计入资本公积的500万元。因此在A公司将500万元资本公积转增资本时，甲公司不得将其享有的该部分份额重复计入其持有股权的计税基础中。
（二）被投资企业将留存收益转增股本，企业股东可以增加股权的计税基础
企业的留存收益是体现在企业的盈余公积和未分配利润，留存收益转增股本主要是指盈余公积转增股本和未分配利润转增股本两种情况。
1.留存收益转增股本部分，企业股东应按照持股比例确认股息、红利
被投资企业将未分配利润或者从税后利润中提取的盈余公积金转增股本，本质上是该企业将未分配利润或盈余公积金向股东分配了股息、红利，股东再以分得的股息、红利进行投资，增加股本。因此，被投资企业将未分配利润或盈余公积转增股本时，企业股东按照投资比例增加的股本部分应视作股息、红利等权益性投资收益。
根据《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条规定，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益为免税收入。《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第八十三条规定：“企业所得税法第二十六条第（二）项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。企业所得税法第二十六条第（二）项和第（三）项所称股息、红利等权益性投资收益，不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。因此，被投资企业将未分配利润或盈余公积转增股本时，当企业股东符合上述免税收入的条件时，按照投资比例增加的股本部分免征企业所得税。
2.留存收益转增股本部分，企业股东应按照持股比例增加股权计税基础
《企业所得税法实施条例》规定，企业对外进行权益性投资，形成投资资产，投资资产以历史成本为计税基础。历史成本，是指企业取得该项资产时实际发生的支出。
由于被投资企业将未分配利润或者从税后利润中提取的盈余公积金转增股本，可以分解为两步，首先该被投资企业将未分配利润或盈余公积金向股东分配了股息、红利，第二步股东再以分得的股息、红利进行投资，增加股本。股东以分得的股息、红利进行投资，该部分应该作为投资资产的历史成本，计入股权的计税基础。
因此，如果本案中，A公司是以留存收益转增股本，那么甲公司在进行股权转让时，就应该将转增股本部分的40%计入到股权的成本中，计征企业所得税。
小结：
目前，《财政部、国家税务总局关于将国家自主创新示范区有关税收试点政策推广到全国范围实施的通知》（财税[2015]116号）、《国家税务总局关于股权奖励和转增股本个人所得税征管问题的公告》（2015年第80号）对于资本公积、留存收益转增股本的个人所得税处理已经明确。《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号）第15条也明确，被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值。 |
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