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企业应设置“预付账款”会计科目，核算企业按照购货合同规定预付给供应单位的款项。
企业因购货而预付的款项，借记“预付账款”科目，贷记“银行存款”科目。收到所购物资时，根据发票账单等列明应计入购入物资成本的金额，借记“物资采购”或“原材料”、“库存商品”等科目，按专用发票上注明的增值税额，借记“应交税金—应交增值税（进项税额）”科目，按应付金额，贷记“预付账款”科目。补付的款项，借记“预付账款”科目，贷记“银行存款”科目；退回多付的款项，借记“银行存款”科目，贷记“预付账款”科目。
预付款项情况不多的企业，也可以将预付的款项直接记入“应付账款”科目的借方，不设置“预付账款”科目。
企业的预付账款，如有确凿证据表明其不符合预付账款性质，或者因供货单位破产、撤销等原因已无望再收到所购货物的，应将原计入预付账款的金额转入其他应收款。企业应按预计不能收到所购货物的预付账款账面余额，借记“其他应收款——预付账款转入”科目，贷记“预付账款”科目。
除转入“其他应收款”科目的预付账款外，其他预付账款不得计提坏账准备。
“预付账款”科目应按供应单位设置明细账，进行明细核算。
“预付账款”科目期末借方余额，反映企业实际预付的款项；期末如为贷方余额，反映企业尚未补付的款项。
一、审查企业预付账款内部控制制度。
对预付账款内部控制制度检查时，应注意：
（1）是否建立了明确的职责分工制度。“预付账款”的总账和明细账户的登记应由不同的职员分别登记；现金收款员不得从事预付账款的记账工作。
（2）预付账款的形式是否经过严格的审批，是否严格按照合同的规定执行。
（3）是否建立了催收货款制度。企业发生的各种预付账款应当及时按照合同的规定清算、催收，对于长期未收回的预付账款，应查明原因，必要时可派人索要。
（4）是否建立了坏账损失审批制度。企业发生的预付账款，如确实形成坏账损失，需经过必要的审批方可列作坏账损失入账。。
二、“预付账款”账户检查。
对“预付账款”账户进行检查时，应注意以下几点：
（1）查账人员在审阅“预付账款”账户或有关会计凭证时发现线索或疑点，再追踪查证。
对于利用“预付账款”账户隐瞒主营业务收入的问题，在审阅会计资料，进行账证核对时可发现下列线索或疑点：
①“预付账款”账户挂账；
②该笔业务“预付账款”账户的摘要栏说明不真实或模糊不清；
③该笔业务的会计凭证不真实、不合法，甚至只有记账凭证，没有原始凭证；
④如果将截留的该笔收入作非法开支，也会造成证证、账证不符。
发现上述一个或几个线索、疑点后，可以进行进一步的审阅核对有关会计资料，调查询问有关人员，了解有关情况，从而查证问题。
（2）由于预付款业务须以合法合同为基础，因此对每一笔预付款业务，看其是否有对应合同，查证合同上规定的预付款数额是否同预付款发生额相符。并要对购货合同的合法性、合理性进行查证，以确定是否在以虚假或不合理合同串通错弊，虚列预付账款的问题。
（3）查阅预付账款总账与明细账，看其余额是否相符，还应注意明细账中相关摘要的叙述是否清晰，必要时可调阅相关记账凭证和原始凭证，以确定是否存在“预付账款”账户所反映的经济业务超出其核算范围的情况。
（4）查证预付账款业务关联单位，确定是否存在虚假预付账款业务，以及预付账款余额是否正确。
（5）查证购货入库记录，看有无重复付款或将同一笔已付清的账款在预付款和应付账款两个科目中同时挂账的情况。
（6）查证“预付账款”明细账的账龄长短及相关的记账凭证、原始凭证。如果账龄过长、则有利用“预付账款”转移资金或进行其他舞弊行为的可能。
最后，问题查证后，应根据其具体情况作出恰当的调整。
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