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3. 中国关于特别纳税调整相互协商程序的另行规定
因转让定价引起的税务争议是各国主管当局需要通过相互协商程序协调解决的最主要问题，转让定价问题的特殊性也注定了其是国际税收争议中最复杂的领域之一。
转让定价问题在相互协商程序中的特殊性体现在以下几点：
（1）转让定价案件中，申请人通常是因境外关联方受到了转让定价调查，而申请居民国主管当局启动相互协商程序。换言之，申请人是转让定价调整的利益关联方，而并非是有可能被直接调增利润的受调查企业；
（2）转让定价并非是一门精确的科学，同样的事实条件下适用不同的转让定价方法产生的结果可能大相径庭，因此在转让定价问题上立场不同的各方很容易产生分歧；
（3）各国关于转让定价引起的初次调整以及相应调整问题（“corresponding adjustment”或美国section 482所称“correlative adjustments”）已经在公平交易原则的基础上达成了一定共识，但对于转让定价中的二次调整问题（“secondary adjustment”或美国所称“conforming adjustment”），各国可能有不同的规定。
值得注意的是，相较被取代的《中国居民（国民）申请启动税务相互协商程序暂行办法》，2013年颁布的《实施办法》并未包括关于特别纳税调整的适用情形（第三十九条：关于特别纳税调整的相互协商程序实施办法，另行规定）。因此现阶段纳税人希望就转让定价问题申请启动相互协商程序时，应该依据的是《特别纳税调整实施办法（暂行）》中相关的条文规定，而具体的实施办法仍需等待总局的后续发文：
三、启动程序申请的时效问题
相互协商程序是通过缔约国之间双边税收协定赋予缔约国纳税人的权利救济程序，制定该程序的目的是为保证税收协定的实施及有效消除国际双重征税。但需要注意的是，申请该救济程序的权利存在期限，根据OECD税收协定范本中的规定——当事人应在不符合税收协定规定的征税措施第一次通知之日起三年内提出申请。
四、法律效力
1. 相互协商程序结果的法律效力
国际普遍认为相互协商程序应属于行政性的争议解决手段，换言之，其结果只对达成协议的主管当局产生约束，如果当事人对结果不满，其仍有权通过司法程序寻求救济。
2. 相互协商程序与生效的税收和解或司法判决的关系
通常认为，如果两国主管当局进行协商讨论的问题上已产生了生效的税收和解或司法判决，那么两国主管当局在进行相互协商时，将只能基于此前认定的事实进行相应的纳税调整，而不能改变已生效的和解或判决。
五、对“走出去”中国企业的法律建议
作为税收协定框架内的争议解决机制，相互协商程序有以下几个优点：当事人无需承担高昂的诉讼费用，解决争议的成本较低；两国主管当局将直接协商解决个案问题，一旦案件达成协议，跨国纳税人无需担心案件协商结果在两国间适用效力问题；负责相互协商程序的主管当局通常都是国际税务的专家，相对于并非专业从事国际税收的法官和基层税务人员，更有可能在国际税务争议中提供合理的解决方案。
但纳税人在考虑申请相互协商程序时，也要清醒的认识到该程序的局限性。根据OECD在2012年发布的数据，国际间相互协商程序案件的平均解决时间为25.46个月，这反映出该程序在实践中解决争议的效率仍相对较低，而且目前各国都累积有相当数量的未解决相互协商程序案件，在实务中因迫于结案的压力，主管当局在协商时有可能使用“打包”的谈判方式来换取效率，在个案中有可能会造成纳税人的权益受损。另外因为中国对外签订的相互协商程序中并不存在仲裁条款，两国主管当局有可能历经长时间协商仍因分歧较大而无法在特定案件中达成一致，此时当事人需要另行寻找别的方式来解决国际税收争议问题。在这种情况下，若当事人前期未采取一定措施保护诉讼时效，有可能面临求助无门的尴尬局面。
基于此前的理论分析以及华税律师在税收争议案件中的经验，华税给希望通过相互协商程序解决国际税收争议的“走出去”中国企业提供以下几点建议，以供参考：
（1）充分调查对方国家的税收法律程序，如通过相互协商程序解决案件时，是否需要预先缴纳税款，若不需要缴纳税款，主管当局相互协商过程中税款产生的利息是否会由纳税人承担等。
（2）要考虑到相互协商程序结果的不确定性以及对方国家税务案件的司法诉讼时效，若主管当局相互协商所需的时间较长，纳税人可以采取起诉并申请延期审理的方式来保护自身的诉权。
（3）充分准备证据材料，积极与主管当局进行沟通。虽然税收协定中并未表示纳税人有权参与相互协商程序，但OECD税收协定解释中对纳税人在协商过程中的积极参与持鼓励态度。纳税人在相互协商程序中的积极配合，将有利于缩短结案时间，并且可以促使两国主管当局达成对纳税人更有利的协商结果。
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