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研发费用加计扣除与高新企业认定之间存在着这样的辩证关系：能加计扣除的企业不一定是高新技术企业，但高新技术企业必然有研发费加计扣除项目。 由于高新企业同时享受加计扣除的优惠，两者的归集口径容易就混淆了。高新技术企业的研发费用范围一般大于研发费加计扣除的范围。比如说折旧费，对于建筑物的折旧费不能加计扣除，而高新可以。对于经营租赁费加计扣除只允许用于研发的仪器、设备租赁费，厂房不可以加计，而高新可以。高新研发费用包括装备调试费用，田间实施费，加计扣除不包括。高新研发费用包括通讯费，加计扣除也不包括。委托研发的，高新包括委托境内外研发，而加计扣除只能是委托境内机构或个人。其他相关费用高新规定不得超过研究开发总费用的20%，而加计扣除规定是不得超过10%。高新的研发费用口径不包括职工福利费，补充养老和补充医疗保险，而研发费用加计扣除可以。对研发人员的定义，高新研发费用只要是企业科技人员都可归集，加计扣除必须是直接从事研发活动的人员。不过，对科技人员，高新要求累计实际工作时间在183天以上，而加计扣除没有这个要求。 为了阅读更直观，制作了下表，共有8个不同点。
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