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关于这个问题，实务中争议很大。主流观点认为：这里的合法凭据一般是指发票，但也不尽然。税务一般把握，当上游收款一方需要缴纳流转税时，这里的合法凭据必须是发票，例如建筑企业收取建筑款项，建材销售商收取建材款，由于需要缴纳流转税，因此开发企业必须取得发票；上游收款一方不需要缴纳流转税时，不需要将发票作为合法凭据，例如在境外发生的费用、拆迁补偿费、接受投资的土地。当然上述主流观点并没有明确的法律依据，这种理念借鉴了《营业税暂行条例实施细则》第19条对营业税差额纳税“合法有效凭证”的解释。
关于“以票控税”，真个是“一管就死，一放就乱”！造成税务机关经常在两难境界中徘徊。
问题一、取得“发票流向不符”的发票是否允许税前扣除？
例如，M公司接受某A建材公司开具的门窗发票1000万元，经过税务机关审核，发现
该批发票实际卖给了B公司，即：该批发票流向不符。经过税务机关进一步核实，门窗货物实际存在，该公司实际支付给了A公司1000万元。
税务机关处理意见：
1、根据《关于进一步加强普通发票管理工作的通知》（国税发【2008】80号）文件第8条第2款规定：“在日常检查中发现纳税人使用不符合规定发票特别是没有填开付款方全称的发票，不得允许纳税人用于税前扣除、抵扣税款、出口退税和财务报销。”《关于加强企业所得税管理的意见》（国税发【2008】88号）文件第二条第三款第3项规定：“加强发票核实工作，不符合规定的发票不得作为税前扣除凭据。”
2、税务机关在网站上提供了便捷的发票流向查询窗口，企业未在网络窗口查询，从而及时发现发票流向不符的情形，未尽到起码的注意义务。
综上：要求该公司补缴企业所得税款250万元（假设门窗发票已全部进入了销售成本）。
企业抗辩理由：
1、《企业所得税法》第8条规定，企业实际发生的、合理的、相关的支出允许在企业所得税前扣除，由于企业业务真实发生，因此应当允许在企业所得税前扣除。因此国税发【2008】80号文件、国税发【2008】88号文件与上位法抵触，应属无效。
2、M公司对A公司非法取得发票的行为并不知情，属于善意取得，没有主观故意性，因此不应承担补缴税款的责任。
3、国税发【2008】80号、国税发【2008】88号文件均强调不符合规定的发票“不得用以税前扣除、不得作为税前扣除凭据”，并没有规定该笔业务不允许在企业所得税前扣除，虽然门窗发票属于不符合规定的发票，不能作为税前扣除的凭据，企业提供了付款凭据、合同协议、门窗入库协议等证据，足以证明业务真实发生，应允许在企业所得税前扣除。
【分析】
一般这种情形，税务机关会坚持不允许在企业所得税前扣除，会特别强调企业未在网络查询，及时发现发票流向不符，因此必须缴纳税款。事实上在税务局内部也存在激烈争议，一般所得税部门倾向于只要业务真实就应当允许在企业所得税前扣除，而稽查局则坚持发票形式不合规，就不允许扣除。兹事体大，总局对业务真实发票不合规是否允许在企业所得税前扣除，采取极端谨慎态度，不敢轻易发公告进行明确，以免滋生漏洞，对这种稽查案件往往是，企业答应补税，则顺利结案，企业闹腾的厉害，则个案解决，一案一议，不进行个案比照。
【建议】
如果数字小，企业最后认账补税，如果数字，则采取复议、诉讼等法律救济措施，是否能够胜出，在未定之数。
问题二、套号发票是否允许在企业所得税前扣除？
众所周知，套号发票在网络中是查询不出来的，企业除了问题（一）中的3项理由，要重点加上第4个理由，企业在网络上进行了查询，网络查询结果属于真票，企业已经尽到了注意义务，要求企业补税与理不合。
【分析】
相比发票流向不符，套号发票企业要求在税前扣除的理由更加充分，更加理直气壮，如果数额较大，企业更应挺直腰杆与税务机关沟通，不惜进行行政复议和行政诉讼，赢面非常大。
问题三、取得“抬头不全”的发票是否允许在企业所得税前扣除？
如前所述，《关于进一步加强普通发票管理工作符合规定发票特别是没有填开付款方全称的发票，不得允许纳税人用于税前扣除、抵扣税款、出口退税和财务报销。”
因此税务机关会引用该条款，对“抬头不全”的发票不予在企业所得税前扣除。新疆自治区地税局甚至专门发文《新疆维吾尔自治区地方税务局关于名称较长的单位填开发票使用规范的通知》，规定：“根据国家税务总局对纳税人填开发票必须填写收付款方单位全称的规定，为了解决因纳税人单位全称较长给填开使用发票带来的不便，经研究决定，对我区从事营业税应税劳务、单位全称较长的纳税人，在填开或接收发票时，可使用单位规范性简称。现将有关事项公告如下：
一、在我区从事营业税应税劳务，其单位全称超过30个字的纳税人，可以使用10个字以上、30个字以内(均含本数)的规范性简称。
二、纳税人使用单位规范性简称前，必须向其主管地税机关提出申请，由主管地税机关审核后，逐级上报自治区地方税务局，经自治区地方税务局同意并向社会发布纳税人单位使用规范性简称的公告，其公告的纳税人单位规范性简称视同全称。
三、凡经自治区地方税务局同意并公告使用规范性简称的纳税人单位，在填开或接收发票时，发票上填写的单位规范性简称合法有效。四、本公告自2013年6月1日起施行。”可谓“奇文共赏之”！
笔者以为，总局的这种规定失之严苛，且在一个加强普通发票管理的文件，规定这种重大税政问题，也不严肃，笔者检查的一个地方性银行，如果严格按照此规定处理，哇塞，几个亿的费用不用扣了！能执行么？敢执行么？。虽然有这样的规定，企业仍可以按照上述第（一）项问题，从3个方面进行申诉，认为最终能够申诉下来的可能性也是很大的。 |
