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为加强跨地区经营汇总纳税企业所得税的征收管理，根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例、《财政部国家税务总局中国人民银行关于印发<跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法）的通知》（财预[2008]10号）的精神，国家税务总局制定了《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（以下简称《办法》）。
一、跨地区经营汇总纳税企业所得税处理原则
跨地区经营汇总纳税企业按照“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的所得税处理原则计算缴纳企业所得税。统一计算，是指企业总机构统一计算包括企业所属各个不具有法人资格的营业机构、场所在内的全部应纳税所得额、应纳税额；分级管理，是指总机构、分支机构所在地的主管税务机关都有对当地机构进行企业所得税管理的责任，总机构和分支机构应分别接受机构所在地主管税务机关的管理；就地预缴，是指总机构、分支机构应按本办法的规定，分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税；汇总清算，是指在年度终了后，总机构负责进行企业所得税的年度汇算清缴，统一计算企业的年度应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补税款；财政调库，是指财政部定期将缴入中央国库的跨地区总分机构企业所得税待分配收入，按照核定的系数调整至地方金库。
“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算”的所得税处理原则，是过去多年来实行的对合并纳税企业的所得税处理原则。这里，首先应弄清汇总纳税与合并纳税的区别。汇总纳税是指总、分支机构的企业，在汇总其总机构及分支机构年度企业所得税纳税申报表的基础上，统一计算年度应纳税所得额、应纳所得税额，申报缴纳企业所得税；合并纳税是指母、子公司机构的企业，在合并其母公司及全资子公司年度企业所得税纳税申报表的基础上，统一计算年度应纳税所得额、应纳所得税额，申报缴纳企业所得税。过去在所得税管理中，把汇总纳税与合并纳税统称为汇总（合并）纳税，对汇总（合并）纳税企业按“统一计算，分级管理、就地预缴、汇总清算”的原则实施征收管理，其缺点是可能造成就地预缴后在汇总清算时超缴税款无法退库。新税法把汇总纳税和合并纳税两个问题分开处理，为了解决预缴超缴税款的问题，加上了“财政调库”的处理原则。
二、《办法》的适用范围
居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市）设立不具有法人资格的营业机构、场所的，该居民企业即为汇总纳税企业，除另有规定外，适用本办法。这是因为我国中央与地方的财政体制是分省、自治区、直辖市和计划单列市划分的，本办法主要解决的是中央与地方的企业所得税分配问题，所以，跨省、自治区、直辖市和计划单列市设立不具有法人资格的营业机构、场所的汇总纳税企业适用本办法。居民企业在同一省、自治区、直辖市和计划单列市内跨地、市（区、县）设立不具有法人资格营业机构、场所的，其企业所得税征收管理办法，由各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局参照本办法规定另行联合制定。
由于铁路运输企业（包括广铁集团和大秦铁路公司）、国有邮政企业、中国工商银行股份有限公司、中国农业银行、中国银行股份有限公司、国家开发银行、中国农业发展银行、中国进出口银行、中央汇金投资有限责任公司、中国建设银行股份有限公司、中国建银投资有限责任公司、中国石油天然气股份有限公司、中国石油化工股份有限公司以及海洋石油天然气企业（包括港澳台和外商投资、外国海上石油天然气企业）等缴纳所得税，未纳入中央和地方分享范围，收入跨地区缴纳不影响地方财政收入，所以不适用本办法。
由于一些大公司的层级多，如果层层预缴会使操作过于复杂，所以，总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分期预缴企业所得税。二级分支机构及其下属机构均由二级分支机构集中就地预缴企业所得税；三级及以下分支机构不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额统一计入二级分支机构。
《办法》对总机构设立具有独立生产经营职能部门，且具有独立生产经营职能部门的经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将具有独立 生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税。具有独立生产经营职能部门与管理职能部门的经营收入、职工工资和资产总额不能分开核算的，具有独立生产经营职能的部门不得视同一个分支机构，不就地预缴企业所得税。
对一些影响地方收入不大，就地预缴不好操作的，不实行就地预缴。具体包括：不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等企业内部辅助性的二级及以下分支机构，不就地预缴企业所得税。上年度认定为小型微利企业的，其分支机构不就地预缴企业所得税。新设立的分支机构，设立当年不就地预缴企业所得税；撤销的分支机构，撤销当年剩余期限内应分摊的企业所得税款由总机构缴入中央国库。企业在中国境外设立的不具有法人资格的营业机构，不就地预缴企业所得税。企业计算分期预缴的所得税时，其实际利润额、应纳税额及分摊因素数额，均不包括其在中国境外设立的营业机构。
三、税款预缴和汇算清缴
为了防止企业预缴超缴税款，要求企业按照月度或者季度的实际利润额预缴。企业应根据当期实际利润额，按照本办法规定的预缴分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，分别由总机构和分支机构分月或者分季就地预缴。在规定期限内按实际利润额预缴有困难的，经总机构所在地主管税务机关认可，可以按照上一年度应纳税所得额的1／12或1／4，由总机构、分支机构就地预缴企业所得税。预缴方式一经确定，当年度不得变更。
为了兼顾总机构和分支机构所在地的财政利益，总机构和分支机构应分期预缴的企业所得税，50%在各分支机构间分摊预缴，50%由总机构预缴。总机构预缴的部分，其中25%就地入库，25%预缴入中央国库，按照《财政部 国家税务总局中国人民银行关于印发（跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法> 的通知》（财预[2008]10号文件）的有关规定进行分配。25%预缴税款人中央国库，一是为了解决在汇算清缴时对企业预缴超缴 税款的退税，二是为了在汇算清缴结束后，再从财政预算上对各地企业所得税收入进行再分配。
对按照当期实际利润额预缴税款的企业，分支机构应分摊的预缴数为：总机构根据统一计算的企业当期实际应纳所得税额，在每月或季度终了后10日内，按照各分支机构应分摊的比例，将本期企业全部应纳所得税额的50%在各分支机构之间进行分摊并通知到各分支机构；各分支机构应在每月或季度终了之日起15日内，就其分摊的所得税额向所在地主管税务机关申报预缴。总机构应分摊的预缴数为：总机构根据统一计算的企业当期应纳所得税额的25%，在每月或季度终了后l5日内自行就地申报预缴。总机构缴入中央国库分配税款的预缴数为：总机构根据统一计算的企业当期应纳所得税额的25%，在每月或季度终了后15日内自行就地申报预缴。
对按照上一年度应纳税所得额的l／12或1／4预缴税款的企业，分支机构应分摊的预缴数为：总机构根据上年汇算清缴统一计算应缴纳所得税额的l／12或1／4，在每月或季度终了之日起10日内，按照各分支机构应分摊的比例，将本期企业全部应纳所得税额的50%在各分支机构之间进行分摊并通知到各分支机构；各分支机构应在每月或季度终了之日起l5日内，就其分摊的所得税额向所在地主管税务机关申报预缴。总机构应分摊的预缴数为：总机构根据上年汇算清缴统一计算应缴纳所得税额的1／12或1／4，将企业全部应纳所得税额的25%部分，在每月或季度终了后l5日内自行向所在地主管税务机关申报预缴。总机构缴入中央国库分配税款的预缴数为：总机构根据上年汇算清缴统一计算应缴纳所得税额的1／12或1／4，将企业全部应纳所得税额的25%部分，在每月或季度终了后15日内，自行向所在地主管税务机关申报预缴。
因为新税法实行的是法人税，各分支机构只是预缴税款，不是法人，不单独汇算清缴，而由总机构汇算清缴。总机构应在年度终了后5个月内，依照法律、法规和其他有关规定进行纳税企业的所得税年度汇算清缴。当年应补缴的所得税款，由总机构缴入中央国库。当年多缴的所得税款，由总机构所在地主管税务机关开具“税收收入退还书”等凭证，按规定程序从中央国库办理退库。 |
