（1）分支机构纳税地点的规定
政策法规：
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条规定，固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。因此，分支机构的增值税一般情况下就地申报纳税。
但是，该条同时规定，经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
《财政部、国家税务总局关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关政策的通知》（财税[2012]9号）对上述规定进一步明确：固定业户的总分支机构不在同一县（市），但在同一省（区、市）范围内的，经省（区、市）财政厅（局）、国家税务局审批同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。省（区、市）财政厅（局）、国家税务局应将审批同意的结果，上报财政部、国家税务总局备案。
总结：不管是独立核算的子公司，还是非独立核算的分公司，在增值税纳税处理上是一致的。即总、分机构各自就地申报纳税。但是，经省（区、市）财政厅（局）、国家税务局审批同意后，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。
（2）统一核算的总分机构之间的货物移送作视同销售的特殊规定
政策法规：
①《增值税暂行条例实施细则》第4条视同销售货物行为的第（3）项：设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构用于销售，但相关机构设在同一县（市）的除外。
②《国家税务总局关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》（国税发[1998]137号）规定，《实施细则》第4条视同销售货物行为的第（3）项所称的用于销售，是指受货机构发生以下情形之一的经营行为：向购货方开具发票；向购货方收取货款。受货机构的货物移送行为有上述两项情形之一的，应当向所在地税务机关缴纳增值税；未发生上述两项情形的，则应由总机构统一缴纳增值税。如果受货机构只就部分货物向购买方开具发票或收取货款，则应当区别不同情况计算并分别向总机构所在地或分支机构所在地缴纳税款。
③ 《国家税务总局关于纳税人以资金结算网络方式收取货款增值税纳税地点问题的通知》（国税函[2002]802号）规定，纳税人以总机构的名义在各地开立账户，通过资金结算网络在各地向购货方收取销货款，由总机构直接向购货方开具发票的行为，不具备《国家税务总局关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》（国税发[1998]137号）规定的受货机构向购货方开具发票、向购货方收取货款两种情形之一，其取得的应税收入应当在总机构所在地缴纳增值税。
总结：
实行统一核算纳税人的总分机构之间，总机构将货物移送到分支机构，如果分支机构将移送到的货物对外销售时使用分支机构当地的发票向购货方开具发票或者向购货方收取货款，只要满足这两个条件之一的，这部分货物销售的增值税需要在分支机构所在地缴纳税款。总机构在货物移送时就需要视同销售，开具专用发票给分支机构抵扣。但如果总机构统一收款、统一开票，这部分货物销售应当在总机构所在地缴纳增值税。
公司内部组织结构不同， 其总体税负水平也会产生差异。 这主要是因为子公司与分公司的税收待遇不一致。 从纳税筹划角度看，子公司作为独立的法人，是独立的纳税人。而分公司作为母公司的分支机构，不具备独立纳税人资格。
一些国家对外国公司的分支机构所实现的利润， 在征收公司所得税以外，还开征"分支机构税"，即对分支机构扣除已征的公司所得税后的全部利润再征一道税，而不管其税后利润是否汇回国外母公司。而对于子公司，在征收公司所得税后，仅就其汇回国外母公司的股息部分征收预提所得税。也有些国家只就其分支机构未再投资于固定资产的利润部分征税。
而对于国内投资来说，情况就不一样了。因为分公司不是独立纳税人，其利润或亏损结转给总公司，由总公司统一集中纳税，这样总公司和分公司之间的盈亏在计税时可以相抵，而母公司与子公司之间则不享有这一纳税待遇。
因此，对初创阶段时间较长、无法盈利的企业一般应设立成分公司，这样可以利用成本扩张冲减总公司的利润，减轻税负；对扭亏为盈迅速、位于税收优惠地区的企业则可考虑设立为子公司，这样可以享受当地的税收优惠。 如税法规定，如果联营企业在当地适用的法定税率内又享受减半或特殊优惠政策的，其优惠的部分应视同己缴税额。
实际上， 设立子公司与设立分公司的节税利益孰高孰低并不是绝对的，它受国家税制、纳税经营状况及企业内部分配政策等多重因素的影响， 投资者在进行企业内部组织结构选择时必须综合考虑其不同内部组织结构下的风险和收益。
于此同时，实务中如果是设立生产型分公司，实际上会受限于目前财政分配体制等因素，当地政府基本都在实务操作层面禁止了此类方案，而此前国内也仅有极少数成功案例。这里涉及到税务、海关、工商和商委等多个部门的法律法规，也有各类地方法规和地方部门的实务操作审批流程，税务需要协调法务在其中找到最大公约数。目前已有不少实务成功案例。
