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房地产企业整体转让在建项目能否扣除土地价款？这个问题在实践中争议不断，相关分析的文章也不少，有从营业税历史沿革进行分析的，有从税法概念角度，从税负公平角度进行的。
土地扣除的相关文件有：
财税[2016]36号文件附件《营业税改征增值税试点有关事项的规定》明确“房地产开发企业中的一般纳税人销售其开发的房地产项目，以取得的全部价款和价外费用，扣除受让土地时向政府部门支付的土地价款后的余额为销售额。”
《国家税务总局关于发布《房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法》的公告》（国家税务总局公告2016年第18号）第三条规定，房地产开发企业以接盘等形式购入未完工的房地产项目（注意：该条款已明确房地产在建工程为未完工的房地产开发项目）继续开发后，以自己的名义立项销售的，属于本办法规定的销售自行开发的房地产项目。
第四条 房地产开发企业中的一般纳税人销售自行开发的房地产项目，适用一般计税方法计税，按照取得的全部价款和价外费用，扣除当期销售房地产项目对应的土地价款后的余额计算销售额。
根据上述规定，大致可以推出，房地产开发企业未完工的房地产项目和房地产开发企业以接盘等形式购入未完工的房地产项目继续开发后，以自己的名义立项销售的房地产项目均属于房地产开发项目。只是税法规定似乎还不够明晰，以至争议不断。
房地产企业整体转让在建项目能否扣除土地价款，这个问题如何破？当税法有规定的时侯，税法是判定是否征税的唯一标准，当税法规定不明确的时侯，我们判断业务是否征税，思考点就需要重新回到税法最基本原理上，这就是增值税计税原理。
增值税的计税原理有三条：
1.按全部销售额计税，但只对其中的新增价值征税
2.实行税款抵扣制
3.税款随货物销售逐环节转移，最终消费者承担全部税款
分析实质，增值税计税原理就是链条抵扣理论，如果非要用文字来描述的话，就是“差额征税全额开票”这八个字。上家按差额征税，全额开票给下家，下一家继续按差额征税，全额开票给下下家，直到客户这一最终环节，由客户为总差额买单缴税。为便于大家理解，举例如下：
A公司以100万价格卖货给B公司，然后B公司按200万卖给C公司，C公司按300万卖给客户，这样的增值税结果是：
客户买单按总差额缴税300万*17%=51万。
增值税链条抵扣总差额=客户最终买单300万=A公司差额100万+B公司差额100万+ C公司差额100万
其中
A公司赚了100万，就按100万差额交税，按100万全额开票给B公司；
B公司按200万卖给C公司的，收进项票100万，B公司只需按差额100万（200-100=100）交税，开200万全额票给C公司。
C公司按300万卖给客户，收进项票200万，C公司按差额100万（300-200=100）交税，按300万全额开票给客户。
根据这个差额征税全额开票的原理，很显然除了最终环节全额买单外，其他环节都是差额征税全额开票。
举例明白了，现在我们把场景替换为房地产业务，看看情况如何。
（1）土储中心以100万拍地价格卖地给B 房企，然后B 房企做成200万的房地产项目卖给（这里我们为简化计算，设B房企新投入开发成本0万元），按300万卖给业主，这样业主缴税总共300万*11%=33万。
这时的增值税链条抵扣总差额=土储中心差额100万（免征）+B房企差额200万（征）=业主买单300万
对于这个场景，差额征税全额开票的原理可以这样理解：
B 房企收到100万土地财政票据可视为虚拟进项发票，这样B房企按差额缴税300-100万=200万*11%=22万，按全额300万开票给业主。土储中心该按差额100万*11%缴11万增值税，但属于土地出让被免征增值税。
（2）现在我们在上一个场景增加一个中间环节，B 房企改卖在建工程。
土储中心以100万拍地价格卖地给B 房企，然后B 房企做成200万的在建工程卖给C房企（同样设B房企新投入开发成本0万元），C房企（设C房企新投入开发成本0万元），按300万卖给业主，这样业主总共缴税300万*11%=33万。C房企取得的是B 房企开给它的200万的全额发票，可抵扣200万，按差额100万缴税，这时，问题出现了，B房企业卖在建工程，能否抵扣土地价款，
如果B公司不能把土地价款抵扣掉，则会产生总差额400万=土储中心差额100万（免）+B公司差额200万+ C公司差额100万>客户最终买单300万,
结果是B公司因土地价款不能扣除在总环节多产生差额100万，总环节多缴税100万*11%=11万。
这就破坏了增值税立法原理。
只有让B公司买在建工程时将土地价款抵扣，才能符合增值税立法原理，实现总差额= 土储中心差额100万（免税）+B公司差额100万+ C公司差额100万=客户最终买单300万。
于是，在税法规定不明确、有争议的情况下，我们根据增值税原理，可自然得出最终结论，房地产企业整体转让在建项目当然可以扣除土地价款。
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