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12% 以内的部分，准予在计算应纳税所得额时扣除。它与现行内资所得税法有两个明显的变化：一是扣除比例的变化，从3%提高到12%。目前企业公益性捐赠的纳税扣除额度为3%，这意味着，纳税人用于公益、救济性的捐赠，在年度应纳税所得额3%以内的部分准予在企业所得税税前扣除，而超额的部分仍需要缴纳企业所得税，以至于企业多捐赠却未必能少纳税，这对企业参与公益性捐助的积极性无疑是一种抑制。二是扣除依据（即计算基数）的变化，将“应纳税所得额”改为“年度利润”。“年度利润”和“应纳税所得额”不是同一个概念。 “应纳税所得额”是一个税法上的概念，根据原有税法的解释，应该是调整以后的税前利润；而“会计利润”则是会计学上的概念，年度利润可以是“毛利”、“净利润”或者其它。
3、统一并提高了研发费用的扣除标准。新《企业所得税法》第三十条第一款规定，企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用可以加计扣除。国务院2006年发布《实施国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006—2020年）若干配套政策》，规定允许企业按当年实际发生的技术开发费用的150%抵扣当年应纳税额，所以在将要制定的实施细则中，对此要予以吸收采用。而现行规定为按实际发生额的50%抵扣。提高研发费用的扣除标准有利于企业的高新技术的研究和开发，有利于提高企业的科技竞争力，促进其参与全球市场的竞争。
除此以外，新企业所得税法还对不得扣除的支出、企业各项资产的成本计价、不得计算折旧和摊销的费用等做出统一的规定。
（四）新企业所得税法税收优惠政策转变
现行税收体系采取了区域优惠为主的方式，所给予的优惠主要是针对设在沿海经济开发区、经济特区、经济技术开发区、边境对外开放城市、中西部及贫困地区的企业。这种单一的优惠方式，缺乏扩张性激励效果，在带动产业升级上作用有限。由于地方政府在税收优惠上具有较大权力，容易引发寻租腐败行为和地区间的恶性税收竞争，这阻碍了各地的协调发展，也无益于贯彻落实国家整体产业政策。新的企业所得税法对现行优惠政策进行了整合，从以区域优惠为主，转向“以产业优惠为主、区域优惠为辅”，建立了新型税收优惠体制。对国家重点扶持和鼓励发展的产业和项目给予所得税上的优惠对待，发挥了税收优惠应有的积极作用，有效配合了国家产业政策的实施，明晰了国家扶持的重点。
新企业所得税法中税收优惠的主要内容包括：促进技术创新和科技进步，主要针对创业型产业和高新技术型产业，体现为对国家高新技术产业开发区内高新技术企业的优惠；鼓励农业发展及环境保护与节能，主要针对农林牧渔业和环保型产业，体现为对农林牧业的减免税政策和环境保护、节能节水等专用设备的抵免政策；促进公益事业和照顾弱势群体性，体现为对劳服企业、福利企业和资源综合利用企业的优惠；支持安全生产，体现为对安全生产等专用设备的抵免政策；鼓励基础设施建设以及对自然灾害专项减免税的优惠政策。
在以产业优惠为重点的同时，新企业所得税法仍然保持了对区域优惠的关注。允许经济特区和上海浦东新区内新设立的国家需要重点扶持的高新技术企业享受过渡性优惠；继续执行西部大开发地区所得税的优惠政策；赋予了民族自治地方在税收优惠上的一定自主权力。这些区域优惠的存在，有效地保证了新旧法律间的平稳过渡，照顾了不同经济发展水平地区在税收优惠上的不同需求，有助于实现地区间的协调发展和国民经济的全面增长。
（五）新企业所得税法对反避税日益重视
为了更好的防范各种避税行为，改变反避税规则立法层次较低、约束力不高的情况，统一后的企业所得税法借鉴国际惯例，专门以第八章“特别纳税调整”规定税务机关对各种避税行为而进行特定纳税事项所作的调整，包括针对纳税人转让定价、资本弱化、利用避税港避税及其它情况所进行的税务调整。 |
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