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（三）削弱了农产品生产单位的竞争力
根据现行政策规定，向农业生产者个人（含农民专业合作社社员）购进其自产农产品时，农业生产者个人不用缴纳增值税，而购货方可自行开具收购发票并按农产品收购发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算抵扣进项税额。而向农业生产者单位购进其自产农产品时，由于不属于可开具收购发票的范围，农业生产环节如享受免税优惠，购货方则没有可抵扣的进项税额。这就意味着在交易价格一样的情况下，向农业生产者个人购进农产品可连带取得买价乘以13%的增值税扣除优惠，从而使农产品生产单位在市场竞争力中处于劣势。
（四）打击了农业生产者做大做强的积极性，加大税务机关的管理难度
在交易价格一样的情况下，销售方为小规模纳税人时承担的增值税较一般纳税人少，而购货方抵扣时，向小规模纳税人购进农产品计算抵扣的进项税额反而比向一般纳税人购进农产品取得专用发票抵扣的进项税额多。这一抵扣规则的设定无形中向纳税人传递了一个信号：农业生产者按小规模纳税人管理更能降低自身的税收成本，在市场竞争中更具优势。纳税人必将想方设法控制自己的销售额，保证其不会超过小规模纳税人的标准，以确保自己能够持续享受这一政策红利，甚至通过隐瞒销售收入、拆分经营、注销重开等方式人为地控制经营规模，达到长期保持小规模纳税人状态的目的。这种政策设定一方面打击了农业生产者做大做强的积极性，也与当前鼓励农业生产集约化经营、抱团经营，提高农业生产者抗风险能力的理念相悖；另一方面不利于鼓励企业加入一般纳税人队伍，与当前扩大增值税抵扣范围，延长增值税抵扣链条的增值税管理思路相悖，也给税务机关的税收征管增加了难度。
（五）增加了纳税人违规抵扣的风险
《通知》颁布后，“执行难”是基层税务人员和纳税人的普遍感受，主要表现有“三难”：一是要求购货方判断销售方是否为小规模纳税人难；二是要求购货方判断销售方是否征免增值税难；三是政策冲突把握尺度难。《通知》规定，准予抵扣的销售发票仅指小规模纳税人销售农产品依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票。纳税人购进农产品取得销售方自行开具的普通发票后，单纯从票面的信息根本无法判断销售方是否为小规模纳税人依3%征收率缴纳增值税而自行开具的普通发票，此外《通知》对普通发票抵扣的一般规定与《关于农民专业合作社有关税收政策的通知》（财税〔2008〕81号）第二条关于“增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额”的特别规定不一致，应由制定机关裁决如何执行，但目前尚未有相关政策补充明确，致使各地执法标准不统一，纳税人因信息不对称而违规抵扣的风险加大。
四、提高农产品税收管理效能的建议
（一）完善农产品管理政策设计建议
增值税政策的设计需要考虑的因素很多，包括政治因素、经济因素和征管因素。在政治因素方面，要体现国家政策的导向性，发挥税收的经济杠杆作用；在经济因素方面，要体现经济社会发展的方向和客观要求，体现社会公平正义，促进经济持续有序发展；在征管因素方面，要考虑政策的可操作性和执行性，尽可能不留下管理上的漏洞。结合当前农产品抵扣管理的现状，笔者对完善农产品抵扣政策提出以下设计建议。
1. 扩大农产品免税范围
现行政策仅对农业生产者销售自产农产品以及商贸流通环节批发、零售蔬菜和鲜活肉蛋产品免征增值税，由于对同一农产品的不同环节适用不同的征免税政策，对批发、零售不同的农产品又可能适用不同的征免税政策，税务机关和纳税人在对农产品征免范围的界定方面投入大量的精力，增加了管理风险。扩大农产品免税的范围，对纳入农产品范围注释的农产品实行从农业生产、初级加工（加工后销售的货物仍为农产品）到商贸流通的全环节免税，既可以减少税务机关和纳税人对农产品征免范围界定方面投入的管理成本，提高税收征管效率，又可以缩小农产品抵扣管理范围，降低农产品抵扣管理风险，同时也加大对农业的税收扶持力度，达到减税惠民的目的。
2.统一农产品抵扣政策
针对目前向不同类型的农业生产者购进农产品可抵扣的进项税额迥异，农业生产者发展受制的现状，只有统一农产品抵扣政策，才能为纳税人站在同一起跑线上进行公平竞争打下基础。具体可选择下列其中一种方案统一农产品抵扣政策：一是取消收购发票的抵扣功能。在当前购进免税农产品取得普通发票不予抵扣的基础上，进一步取消收购发票的抵扣功能，通过彻底回归增值税“不征不扣”的链条式管理，消除抵扣差异。二是实行凭票核定抵扣。通过实行农产品增值税进项税额核定扣除的办法，对纳税人购进农产品取得的各种合法凭证均按照核定的扣除率予以抵扣，弱化抵扣凭证的抵扣功能，均衡纳税人的税收负担，消除抵扣差异。三是扩大收购发票的使用范围。对农业生产者销售免税农产品一律不供应发票，统一由购货方自行开具收购发票收购农产品并据此进行抵扣。四是恢复部分普通发票的抵扣功能。在收购农产品自行开具收购发票允许抵扣的基础上，恢复农业生产者自产农产品免税后开具的普通发票的抵扣功能，达到消除抵扣差异的目的。
对于上述四种方案，笔者认为第一种方案能彻底解决问题，但此时推出与当前减税、税负的形势有冲突，不宜操作之过急；第二种方案目前仍在试点，可通过试点的具体情况和执行成效分析此方案是否值得推广；第三种方案由于收购收票存在自开自抵，难以监管其开具真实性的特点，存在较大的管理风险。目前，政策执行的存在问题已摆在眼前，当务之急是尽量减少政策不公对纳税人造成的影响，建议暂采用第四种方案，在全省统一执法标准和具体管理办法，方便基层税务人员和纳税人操作。
（二）规范农产品管理的建议
如采用第四种方案，结合当前的政策规定和管理现状，需要在以下几方面建立和完善相关管理制度：
1. 建立农业生产者经营信息备案制度。规定从事农业生产的纳税人申请购买发票或申请门前代开发票时，应向税务机关提供其从事自产农产品的相关资料（如生产场地证明、村委会证明等）并进行农业生产经营信息备案，税务机关对已进行农业生产信息备案的纳税人在税务登记经营范围标明从事种植，养殖、收割、采伐、捕捞等字样，方便税务机关进行实地核查并进行后续的税收征免管理。
2. 实行农产品收购发票的信息化管理 |
