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国家税务总局《关于印发并试行新修订的<企业所得税纳税申报表>的通知》(国税发[1998]190号，以下简称旧表体系)，由于旧表体系报表本身存在着一定的问题（如遗漏部分重要项目，报表设计琐碎、复杂，纳税申报表与利润表没有相关的数据核对功能），申报表从结构和内容上都滞后于《企业会计制度》，申报表的设置无论是结构还是内容均严重落后于税收政策的变化，因此，在后来的使用过程中有的省市根据实际需要请示国家税务总局后自行修订了旧表体系。
2006年4月18日，国家税务总局下发了《关于修订企业所得税纳税申报表的通知》（国税发[2006]56号以下简称新表体系）；2006年11月8日，国家税务总局下发了《关于明确企业所得税纳税申报表执行口径等有关问题的通知》（国税函[2006]1043号）。
一、新表体系、旧表体系成本费用附表总体对比
新表体系附表二《成本费用明细表》，主要对应旧表体系销售（营业）成本（其附表为附表三《销售（营业）成本明细表》）和“期间费用合计”项目。
（一）旧表体系《销售（营业）成本明细表》
《销售（营业）成本明细表》与《销售(营业)收入明细表》进行对应配比，由工业制造业务销售成本、商品流通业务销售成本、施工业务的营业成本、房地产开发业务的营业成本、旅游饮食服务业务的营业成本、运输业务的营业成本、邮政通信业务的营业成本、金融保险业务的营业成本，加上其他一些项目共同构成，其他项目有：销售材料、下脚料、废料、废旧物资发生的相关成本，技术转让发生的直接支出，无形资产转让的直接支出，固定资产转让、清理发生的转让和清理费用，出租、出借包装物的成本，自产、委托加工产品视同销售结转的相关成本。
旧表体系《销售（营业）成本明细表》存在的主要问题是，它的填报项目与会计制度尤其是后来的《企业会计制度》科目之间对应关系不清晰，它只注重经济事项，不注重会计业务，增加了企业会计人员的填报成本和主管税务人员的审核成本。
（二）新表体系《成本费用明细表》
《成本费用明细表》恰恰就迎合了实际工作的需要，各项目与会计核算（主要是《企业会计制度》）上的各科目之间口径更趋同，更有对应关系，并且列举明确、界面友好、脉络清晰，很多项目可以直接到总账科目及其明细科目下取数，方便了填报和审核。
新表体系附表二《成本费用明细表》与附表一《销售（营业）收入及其他收入明细表》进行“配比”（其实比如营业外收支之间的关系不能叫会计专业上的“配比”关系，而是“对立”关系），由销售（营业）成本、其他业务支出及营业外支出等项目和期间费用构成。除“期间费用”外，其他项目两表几乎是一一对应关系。
二、税法上确认的成本费用
（一）国家税务总局《企业所得税税前扣除办法》（国税发[2000]84号）规定，（企业所得税前）准予扣除项目是纳税人每一纳税年度发生的与取得应纳税收入有关的所有必要和正常的成本、费用、税金和损失。成本是纳税人销售商品（产品、材料、下脚料、废料、废旧物资等）、提供劳务、转让固定资产、无形资产（包括技术转让）的成本。费用是指纳税人每一纳税年度发生的可扣除的销售费用、管理费用和财务费用，已计入成本的有关费用除外。
（二）国家税务总局《企业所得税税前扣除办法》（国税发[2000]84号）第五十五条规定，纳税人发生的资产盈亏、报废净损失，减除责任人赔偿和保险赔款后的余额，经主管税务机关审核可以扣除。
（三）2005年国家税务总局《企业财产损失所得税前扣除管理办法》（国家税务总局令第13号）规定，企业的各项财产损失含固定资产损失、在建工程和工程物资损失、无形资产损失和其他资产损失；含非正常损失（包括因战争、自然灾害等不可抗力造成损失，因人为管理责任毁损、被盗造成损失，政策因素造成损失等）、发生改组等评估损失和永久实质性损害等。固定资产损失包括企业房屋建筑物、机器设备、运输设备、工具器具等发生盘亏、淘汰、毁损、报废、丢失、被盗等造成的净损失。企业的各项财产损失，应在损失发生当年申报扣除。
三、新表体系《成本费用明细表》项目填报解析
（一）销售（营业）成本
该项目填报纳税人按照会计制度核算的“主营业务成本”、“其他业务支出”，以及根据税收规定应确认为当期成本的视同销售成本。
1、主营业务成本
（1）该项目包括销售商品成本、提供劳务成本、让渡资产使用权成本、建造合同成本四个明细项目。
《企业所得税年度纳税申报表》附表二填报说明指出：纳税人根据不同行业的业务性质分别填报在会计核算中的主营业务成本；一个纳税人内部可能包括从事工业制造业务、提供劳务等各项业务的非法人的分公司、营业部等，必须将各项业务的营业成本分别准确申报。
也就是说，处于不同行业的纳税人要根据自己行业业务性质选择“主营业务成本”的明细项目填报，如果一个法人纳税人自身涉及了多个行业的业务，要将各项业务分别选择“主营业务成本”的明细项目填报。
（2）其中“提供劳务成本”明细项目，主要系指（营业税劳务行业）如旅游、运输（包括交通运输、民航运输等）、饮食、广告、理发、照相、洗染、咨询、代理、培训、产品安装等行业提供劳务业务发生的销售成本，还包括（增值税劳务行业）提供加工修理修配业务的销售成本。
“让渡资产使用权成本”系指因让渡资产使用权而与取得的利息收入和使用费收入相应配比的销售成本。让渡资产使用权，也即允许他人使用本企业的资产，包括因他人使用本企业现金而收取的利息收入（主要是指金融企业存、贷款形成的利息收入及同业之间发生往来形成的利息收入等，不适用于一般企业；但金融企业填报有专用附表，因此与金融企业利息收入对应的成本也不在此处填报），因他人使用本企业的无形资产（如商标权、专利权、专营权、软件、版权）等而形成的使用费收入（还包括他人使用本企业的固定资产取得的租金收入等）。
必须指出的是，实际上，“让渡无形资产使用权”在会计上应在“其他业务收入”和“其他业务支出”科目核算，并不在“主营业务收入”和“主营业务成本”科目核算。
建造合同，系指为建造一项资产或者在设计、技术、功能、最终用途等方面密切相关的数项资产而订立的合同，主要系建造承包商建造工程的合同，而如果房地产经营商事先与买方签订合同，按合同要求开发房地产的，也应作为建造合同。这里所讲的资产，是指房屋、道路、桥梁、水坝等建筑物以及船舶、飞机、大型机械设备等。
2、其他业务支出
该项目包括材料销售成本、代购代销费用、包装物出租成本、相关税金及附加、其他五个明细项目。
材料销售成本包括材料、下脚料、废料、废旧物资等的销售成本。
代购代销费用。会计上，在“其他业务收入”和“其他业务支出”科目核算项目中，确实包括“代购代销”业务。笔者在这里谈一谈“代销商品”。“代销商品”业务分“视同买断”和“收取手续费”两种，其中“收取手续费”的“代销商品”业务的成本，就是这里“代购代销费用”的“代销费用”。我门还知道，服务业的“代理”业务包括“代销货物”，如果“代销”属于兼营业务活动，那么收取的手续费收入和成本就在“其他业务收入”和“其他业务支出”科目核算；如果“代销”属于主营业务活动，那么收取的手续费收入和成本就应该在“主营业务收入”和“主营业务成本”科目核算。
相关税金及附加，系指与“其他业务收入”业务活动相关的应交税金及附加或者说相关税费。比如说，某工业企业取得对外房租收入，那么直接或间接依据房租收入提取的营业税、城建税、教育费附加、地方教育附加的成本都要在“其他业务支出”科目中核算，此处营业税、城建税、教育费附加、地方教育附加就属于“相关税金及附加”。
“其他”项目，填报纳税人按照会计制度应在“其他业务支出”中核算的其他成本费用支出，比如某些主营业务活动以外的劳务收入的成本支出等等。
3、视同销售成本
该项目包括自产及委托加工产品视同销售成本、处置非货币性资产视同销售成本、其他视同销售成本三个明细项目。
《企业所得税年度纳税申报表》附表二填报说明指出：此处填报纳税人按税收规定计算的与视同销售收入对应的成本，行次分别与附表一《销售（营业）收入及其他收入明细表》“视同销售收入”对应行次的数据配比。每一笔被确认为视同销售的经济事项，在确认计算应税收入的同时，均有与此收入相配比的应税成本。
由于这里税法和会计核算存在差异，“视同销售”业务在会计核算上一般并不确认收入和结转成本，比如将自产、委托加工的货物用于集体福利或个人消费或作为投资等，因此《成本费用明细表》在“主营业务成本”和“其他业务支出”项目之外单独设置了“视同销售成本”项目。
（二）其他扣除项目
1、营业外支出
（1）填报要求
营业外支出项目包括固定资产盘亏、处置固定资产净损失、出售无形资产损失、债务重组损失、罚款支出、非常损失、其他（包括三项减值准备）七个明细项目（随国家税务总局国税发[2006]56号通知下发的附表《成本费用明细表》之“营业外支出”下属明细项目中少了一个序号“（5）”,这是该表格的瑕疵）。
请注意“营业外支出”项目并不是填报会计上“营业外支出”科目核算的全部内容，比如不包含“捐赠支出”，请不要将“捐赠支出”发生额填列到“其他”明细项目中。“营业外支出”科目核算的各项捐赠支出（包括公益、救济性捐赠支出，非公益救济性捐赠支出）在附表八《捐赠支出明细表》中填报。
固定资产盘亏、处置固定资产净损失、出售无形资产损失、债务重组损失、罚款支出、非常损失六个明细项目的填报金额同于会计核算口径，涉及的“财产损失”和“罚款支出”，有关纳税调整应填报附表四《纳税调整增加项目明细表》。《成本费用明细表》中的“罚款支出”项目填报本纳税年度实际发生的全部罚款支出，当然其中可以税前扣除的限额只是按照经济合同规定支付的违约金(包括银行罚息)、罚款（如向长期配套购货方支付的三包索赔罚款支出）等。
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