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新企业所得税法在税收优惠方面有两个重要特点：一是对国家鼓励的“项目”给予减免税，其优惠对象是企业符合条件的“项目所得”，而不是对企业的所有经营所得给予减免税。二是加大了鼓励企业自主创新的力度，在保留原有优惠政策的基础上，进一步扩大了优惠政策适用范围。企业应当根据税收优惠政策的特点进行“量身定做”，为充分享受税收优惠积极创造条件。
突出免税项目所得
《企业所得税法实施条例》规定，企业从事国家重点扶持的公共基础设施项目的投资经营的所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第1年~第3年免征企业所得税，第4年~第6年减半征收企业所得税。国家重点扶持的公共基础设施项目，是指《公共基础设施项目企业所得税优惠目录》规定的港口码头、机场、铁路、公路、城市公共交通、电力、水利等项目。企业从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第1年~第3年免征企业所得税，第4年~第6年减半征收企业所得税。符合条件的环境保护、节能节水项目，包括公共污水处理、公共垃圾处理、沼气综合开发利用、节能减排技术改造、海水淡化等。企业购置并实际使用《环境保护专用设备企业所得税优惠目录》、《节能节水专用设备企业所得税优惠目录》和《安全生产专用设备企业所得税优惠目录》规定的环境保护、节能节水、安全生产等专用设备的，该专用设备的投资额的10%可以从企业当年的应纳税额中抵免；当年不足抵免的，可以在以后5个纳税年度结转抵免。
大型企业的建设离不开基础设施投入，企业的可持续发展，离不开环境保护、提高资源利用效率的投入。因此，国家鼓励的优惠项目是普遍存在的。问题的关键在于，优惠项目的投入常常是为主产品服务的，优惠项目本身并不产生所得，因而无法享受税收优惠。笔者认为，在具备一定条件时，企业应当将优惠项目从企业中分离出来，并有偿提供产品或劳务，独立计算所得，从而享受税收优惠。例如，企业可将环境保护、节能节水项目独立出来，成立专门从事环境保护、节能节水的新法人公司，然后由新公司向企业有偿提供环境保护、节能节水服务，如此新公司取得的所得可享受“三免三减半”的企业所得税优惠政策。需要注意的是，企业享受“三免三减半”税收优惠的起始年度为“取得第一笔生产经营收入所属纳税年度”，因此，企业应当事前做好筹划工作，在不影响效益的前提下尽可能推迟减免税起始年度，从而获得更多的税收利益。
此外，部分大型企业已经具备了自制环境保护、节能节水、安全生产等专用设备的能力，而自制设备不能享受《企业所得税法实施条例》规定的设备投资抵免政策。企业可将内部设备自治机构分离出来，成立具有法人资格的设备制造企业，然后由企业向设备制造企业购买相关设备，这样企业就能够享受设备投资抵免的税收优惠。
分离核心产业
《企业所得税法》及其实施条例以及《科技部财政部国家税务总局关于印发高新技术企业认定管理办法的通知》（国科发火[2008]172号）规定，国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15%的税率征收企业所得税。国家需要重点扶持的高新技术企业，是指拥有核心自主知识产权，并同时符合下列条件的企业：（一）在中国境内（不含港、澳、台地区）注册的企业，近3年内通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，或通过5年以上的独占许可方式，对其主要产品（服务）的核心技术拥有自主知识产权；（二）产品（服务）属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围；（三）具有大学专科以上学历的科技人员占企业当年职工总数的30%以上，其中研发人员占企业当年职工总数的10%以上；（四）企业为获得科学技术（不包括人文、社会科学）新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品（服务）而持续进行了研究开发活动，且近3个会计年度的研究开发费用总额占销售收入总额的比例符合规定的要求；（五）高新技术产品（服务）收入占企业当年总收入的60%以上；（六）企业研究开发组织管理水平、科技成果转化能力、自主知识产权数量、销售与总资产成长性等指标符合《高新技术企业认定管理工作指引》的要求。
虽然高新技术产业的优惠政策已经从区内扩展到区外，但国家对高新技术企业的认定，制定了更加严格的要求。特别是高学历人员占职工总数的比例、研发费用占销售收入的比例、高新技术产品（服务）收入占企业当年总收入的比例等关键指标，很多大型企业很难达到认定标准，因此，将大型企业的一部分核心产业、人员、技术和业务分离出来，单独成立具有法人资格的高新技术企业是十分必要的。分离出来的新企业应当确保相关指标达到规定的要求，同时在一段时间内，全力开发核心自主知识产权，为高新技术企业的认定创造条件。如果新企业能够通过认定并享受高新技术企业优惠，那么税收筹划为企业带来的税收利益将是难以估量的。即使最终不能通过认定，也不会给企业带来太多的损失。
外设研发机构
《财政部国家税务总局关于贯彻落实中共中央国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定有关税收问题的通知》（财税[1999]273号）规定，对单位和个人（包括外商投资企业、外商投资设立的研究开发中心、外国企业和外籍个人）从事技术转让、技术开发业务和与之相关的技术咨询、技术服务业务取得的收入，免征营业税。
《企业所得税法实施条例》规定，一个纳税年度内，居民企业技术转让所得不超过500万元的部分，免征企业所得税；超过500万元的部分，减半征收企业所得税。企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。
在通常情况下，企业的研究机构作为企业的内部机构存在。内设研发机构的弊端在于，企业仅能按技术开发成本享受加计扣除优惠政策。而且，当企业的主要产品处于研发阶段时，往往无应纳税所得可抵扣，而技术开发费加计扣除额当年未能扣除的，不允许向以后年度结转扣除，因此，技术开发费加计扣除政策常常形同虚设。具备一定条件的企业应当尽可能外设研发机构，即把研发机构设为独立法人，然后由企业委托研发机构研发技术，并支付研发费用，如此企业可更多、更充分地享受税收优惠。
假设企业某一年度的研发成本为m，研发机构的利润为n，研发机构向企业转让技术的价格为m＋n。如果仅考虑加计扣除，那么当内设研发机构时，企业的开发成本为m，其最多所能享受的税收减免额仅为0.125m（m×50%×25%，假设适用税率为25%，下同）。当外设研发机构时，企业支付的研发费用为m＋n，其所能享受的税收减免额为0.125（m＋n）。
根据《企业所得税法实施条例》的规定，研发机构转让技术的所得可享受减免税优惠。当n<＝500万元时，研发机构可免征企业所得税，其享受的税收减免额为0.25n（n×25%）；当n>500万元时，研发机构享受的税收减免额为（62.5＋0.125n）[500×25%＋（n－500）×25%×50%]。
如果外购研发机构，企业及其研发机构累计享受的税收减免额为（0.125m＋0.375n）[0.125（m＋n）＋0.25n，n<＝500]，或者（62.5＋0.125m＋0.25n）[0.125（m＋n）＋（62.5＋0.125n），n>500]，远远高于内设研发机构的税收减免额。而且当n的值越大时，税收减免额越大。考虑到产品的价值主要决定于技术含量，企业合理放大n的值应当是允许的。
根据财税[1999]273号文件的规定，研发机构向企业转让技术，可免征营业税，因此，外设研发机构不会增加太多的税收成本。企业委托研发的时机，以及实际支付研发费用的时间，可以根据企业盈利水平等实际情况进行预测并适当调整，因此，上述方案可确保企业能够充分享受税收优惠政策。
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