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1. 增值税的征收范围：公共机构和控股企业交易
应用于公共机构的规则（2006年指令第13条规定，中央政府、地区、省、市镇以及其他公法的主体对于他们以政府当局的身份实施的业务不缴纳增值税）在对类似活动的增值税处理方面——根据提供者的地位的不同——造成了差异。而目前在成员国中正在进行的传统上保留给公共部门（实施）的活动的私营化和管制的撤销的演变已经增加了这些差异。此外，为了提供基础设施和具有战略重要性的公共服务——比如公路、铁路、学校、医院、监狱、水和废物处理——在公共机构和私人部门之间的新的合作形式（公私合伙关系）已经建立起来。那些免于缴纳增值税或不在征税范围之内的公共机构有动机来限制外包（outsourcing），以避免缴纳不能抵扣的增值税。这样增值税就变成了一项影响投资和开销决策的因素。最近，欧盟委员会开启了一项关于增值税对公共机构的经济和社会影响和可能的对应措施的研究。比如，可以列明公共机构的所有在增值税应用范围内的经济活动以及制定一份需要排除的清单，或者（一个替代路径）可以说明和修订公共机构不能再被认为脱离于增值税应用范围的条件。
关于控股企业的交易——特别是关于股份管理或财产管理——的增值税处理，欧盟正义法院已经提供了一些在实践中很难实施的指引。一个可行的操作是阐明（这类交易）在增值税指令的中法律状况（地位）。
2. 增值税的免税业务
免税违背了作为一种宽税基的税的增值税原则。许多现有的免税业务是否仍然具有恰当性可以被质疑。通过减少免税的数量来扩大税基可以提高税的效率和中性，并且就增值税税率的提高提供了一项有效的替代措施。
增值税指令区分两类免税，一类针对具有公共利益的活动（比如，基于社会、教育、文化的原因），另一类针对其他活动，比如基于牵涉到增值税在相关交易（金融服务和赌博活动）应用的技术问题，或者基于其他税种的介入（关于不动产的交易）。对这些免税有必要进行重新检查，特别是在经济和技术改变的背景下。关于邮政服务的免税的建议和关于金融和保险服务的免税的建议仍然在讨论之中。事实上，关于公共机构的研究也涉及到免税（基于公共利益）。
3. 进项税的抵扣
增值税进项税的抵扣权是确保对工商企业的税收中性的基础。虽然一方面，增值税可抵扣的程度构成了关键因素，但是另一方面，其他一些因素，比如抵扣的时刻和手续也很重要。为了保持中性，在为被课以增值税的经济活动而使用的商品和服务上课征的增值税应当是完全地可抵扣的。当商品或服务是为了多重的目的（征税活动、免税活动或非商业目的）而使用，以及在商品或服务的经济生命（使用期限）内在使用上发生了改变的情形下，它并不容易那么实现。当商品或服务也基于非商业的目的（私人消费）而使用时，就有必要对抵扣权进行限制了。以统一比率（Flat-rate）的限制可以解决在很难或者不可能确定商业使用和私人使用之间的比例的情形下的问题，但是这些限制应当反映经济现实，而不应当是用以创造额外收入的工具。
当商品或服务的提供被执行的时候就产生了抵扣权，不管购买者或接受者是否已经支付了价款。这个规则对于推迟付款的人产生一项现金流的利益，而另一方面商品或服务提供者，一般是中小企业，承担了相应的负担。而建立在支付（现金核算制cash accounting）基础——这样当（商品或服务）提供被付款的时候增值税就变的可索求和可抵扣——上的增值税制度在现金流方面对所有人都是中性的。这样的制度在购买者或接受者无力偿还的情形下还可以限制增值税的损失。
通常，增值税的抵扣执行是从应当支付的增值税中减去（抵消）可抵扣的增值税。当结果是负数时，即当纳税人拥有偿还（退税）权的时候，由于偿还伴随着欺诈的风险，税务机关有一些不同的方式来处理。但这一风险不应当被作为不适当地推迟抵扣权（实施）的理由。
4. 国际服务
国际服务逐渐增长——归功于全球化、（对经济运行的行政规束的）放宽管制和技术、通信的发展——的重要性对于增值税具有清晰的潜在影响。为了避免这类服务的双重征税或不征税，在国际层面上有必要达成一致的方式；在这方面，一项重要的任务正由OECD实施中。然而，除了确保关于在消费国征税的法律确定性的必要性以外，还需要对增值税的正确应用进行检查。特别是当涉及到通过电子化的方式来提供商家对消费者的服务时，比如软件或音乐发布在线（music distributed online），增值税的征收以一种特殊方式取决于非欧盟提供者的对规则的自愿遵守。从长远来看，我们可以从对欧盟的（商品或服务）提供者和对欧盟成员国预算来说的中性和竞争的角度来质疑这是否可以接受。在应当探索的可能性（关于上述情况的对应举措）之中,其中一项是在增值税领域鼓励税务机关在国际层面进行合作。对此，一替代选项——初一看并不是那么令人感兴趣，但是已经在一些非欧盟国家（比如，加拿大）的司法判例中被研究了——是探寻向私人消费者征收增值税的方式，比如查核在线支付。
还有一些涉及对国际企业集团内部的服务提供的（增值税）处理的税收中性和透明性方面的问题：相关处理是根据集团的组织结构（总分公司或母子公司）不同而不同，而不是根据服务的性质不同而不同。 |
