关于滞纳金——财政部与税务总局的争议

这是一个真实的案例：
   
某市税务局在2007年12月查处某企业在2006年1月发放职工年终奖金未扣未缴个人所得税，开出处罚通知单：责令限期改正，责成扣缴义务人限期将应扣未扣、应收未收的税款补扣或补收，并给予3倍罚款。
    
问题来了：某企业怎么在申报系统补缴纳这个税款，应税时间是2007年12月还是2006年1月？      
1、如果应税时间是2007年12月，则那个给予企业3倍罚款的依据就不正确了，即处罚没有法律依据了，没有哪个法律会对正在进行的事项进行定性且给予处罚的。
      
2、如果应税时间是2006年1月，因为税款延期入库了，占用了国家的税款应当加收滞纳金。某市税务局说，根据总局的国税函（2004）1199号不加收滞纳金。
   
某市当地财政厅认为，对税款延期入库加收滞纳金是人大制定的法律规定，其细则是国务院依据人大授权制定的，国税函（2004）1199号不加收滞纳金的规定。没有经上位法制定机关授权同意，属于擅自扩大解释上位法条款的错误行为。根据《征管法》规定滞纳金是上缴国库的，税务总局无权减免。
   
因此税务局应该按处罚通知单上的应税时间开始计算并征收滞纳金入库。
    
——在理解上位部门制定的税收法规时，税务机关总是从征管方便和效率上理解和执行。而财政部门总是从税款是否按“应收尽收”足额入库上理解和执行，因此对于同一个税收事项，税务机关与财政部门认定是有差异的。

——如现在重组税收文件，他们之间差异就比较大。

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