取消增值税简易征收应当允许抵扣进项税额

（三）改变对A公司增值税征管方式，不应影响A公司抵扣进项税额的权利
按简易办法和按税率征收增值税是增值税征收管理的两种方式。按税率征收增值税是综合考虑纳税人的收入和成本，按照销项税额减除进项税额后的余额确定纳税人应纳税额的税款征收方式。增值税简易征收办法是对无法或不适合按照进销项的方法核算增值税应纳税额的增值税一般纳税人采取的按照简易征收率征收增值税的税款征收办法。增值税简易征收办法的宗旨在于平衡税负，便于税收征管。

A公司自产微生物制成的生物制品，生产成本难以取得增值税专用发票，按照销项减进项的征收方式征收增值税税率过高。因此，《关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知》（财税[2009]9号）第二条规定，一般纳税人销售自产的用微生物制成的生物制品，可选择按照简易办法依照6%征收率计算缴纳增值税。2011年5月28日，A公司向税务机关提交了《A公司选择简易办法计算缴纳增值税申请书》，税务机关经审核后，同意对A公司按照6%的征收率进行简易征收。

本案中，税务机关后经税务稽查，认为A公司存在违规适用按照6%征收率简易征收增值税的税收优惠政策，要求对A公司按照增值税税率计征税款，是变更对A公司的增值税征管方式。对A公司按照17%的增值税税率计征增值税，应当综合考虑纳税人的销项税额和进项税额，按照增值税销项减进项的征税方法，允许A公司抵扣增值税进项税额。

（四）A公司取得的增值税抵扣凭证已过期不应构成抵扣税款的障碍
根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发[2003]17号）以及《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）的规定，增值税一般纳税人取得增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，应当在法定期限内到税务机关申请认证比对后才可以抵扣增值税进项税额。但也规定了例外，《关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》（国税[2011]第50号）第一条规定，对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。可见，规定增值税认证抵扣期限的目的在于促使纳税人尽早行使权利、抵扣税款，是出于税收征管方便的考虑，并非否定纳税人抵扣增值税进项税额的权利。本案中，A公司取得的增值税抵扣凭证超过认证抵扣期限不是出于A公司自身的原因，A公司不存在怠于行使权利的情形。因此，超期不应成为阻碍A公司认证抵扣的障碍。

另外，《增值税暂行条例》第四条规定，……纳税人销售货物或者提供应税劳务，应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额。《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发[2003]17号）以及《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）作为部门规章和内部规范性文件，在法律价位上明显低于《增值税暂行条例》，其规定增值税专用发票超期不得抵扣与《增值税暂行条例》的规定向冲突，不应当成为妨碍本案中申请人抵扣增值税进项税额的法律依据。

三、总结
根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发[2003]17号）以及《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）的规定，增值税一般纳税人取得增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，应当在法定期限内到税务机关申请认证比对后才可以抵扣增值税进项税额。但是，实践中不可片面理解适用这一规定。纳税人不存在过错的情况下，不应因这一规定增加纳税人的税收负担。不仅如此，税务机关取消A公司的增值税简易征收，仅是对A公司税收征管方式的改变，不应影响A公司的纳税义务。本案中，税务机关取消对A公司的增值税简易征收，改变对A公司的增值税征管方式，并非由于A公司的过错。A公司仅应在《增值税暂行条例》规定的范围内承担纳税义务，否则将违背税收公平原则。应允许A公司抵扣在采用增值税简易征收办法期间已取得的增值税抵扣凭证所载进项税额。

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