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1、被合并企业及其股东均应按照清算进行税务处理，具体步骤为以上所述11个步骤。
2、关于资产的税收属性继承问题。
本文所述：被合并企业的亏损不允许在合并企业结转弥补。
这种情形称之为资产税收属性的结转，包含三个方面：（1）计税基础，（2）亏损弥补；（3）税收优惠继承；
当被合并企业资产的隐含增值得到实现的时候，即一般性税务处理：（1）合并企业资产计税基础，按照资产隐含增值得到实现以后的公允价值来计算；（2）由于清算所得时允许弥补亏损的，因此其亏损已经被弥补，即使不够弥补的，也不再结转弥补；（3）属于整个企业的过渡性优惠不允许继承；
反之当被合并企业资产的隐含增值不必得到实现的时候，即选择特殊性税务处理时：（1）资产的计税基础继续按照原计税基础继承；（2）被合并企业亏损原则上允许继承，当然会受到一定限制；（3）过渡性税收优惠允许继承。
3、关于亏损企业合并盈利企业问题。
在一般性税务处理中，被合并企业的亏损不允许结转弥补，但是59号文件及其管理办法都没有提到不允许存续企业的亏损进行弥补，因此如果企业以亏损企业作为存续企业去合并盈利企业，虽然不合理，但是找不到税法条款禁止弥补。
有一种观点认为，可以用第五条第一款，亏损企业合并盈利企业，没有合理的商业目的来制止，但是合理的商业目的是享受特殊性税务处理的要件，而企业适用一般性税务处理，显然 不能适用59号文件第五条第一款。
虽然，盈利企业弥补亏损企业，亏损不能结转弥补，反过来以亏损企业弥补盈利企业，其亏损就能得到弥补的情形，显然不合理，但是目前缺乏法定政策来制止这种情形，除非是启动一般反避税条款。
何况这种情形，也未必就没有合理的商业目的，例如某企业净资产为5亿元，但是未分配利润是负数，为了盘活资产，合并一个净资产为5000万元的盈利企业，也完全具有合理的商业目的。
4、合并中商誉的税务处理：视同股东的股权转让所得？
4号公告没有规范“被合并企业股东取得的全部股权支付和非股权支付扣除从被合并企业分得的剩余资产后尚有余额的”，即合并商誉的税务处理，在最后一版的重组规程讨论稿中，曾经规定：合并商誉按照股权转让所得处理，例如：
合并企业接受被合并企业各项资产和负债，其实就是剩余净资产的公允价值。并不等于被合并企业合并前资产的公允价值。差别在于，净资产的公允价值，已经扣除了清算所得税。例如：某企业全部资产公允价值200万元，有负债50万元，资产的计税基础是100万元。则该企业清算所得为100万元，清算所得税25万元。股东分得的剩余财产价值为125万元，计入未分配利润75万元。假设该企业股东长期股权投资的历史成本为30万元，合并企业支付股权支付额和非股权支付额之和为150万元。则股东的所得为125-75-30=20（万元），股东的总所得=150-125+20=45（万元），即：股东实现了25万的股权转让所得，20万的清算股权转让所得。
合并企业接受资产的公允价值为125万元，另外接受了25万元购买的商誉，只有在转让的时候，才能扣除。
5、报送资料同法律形式改变，采取一般性税务处理。即主要是证明清算所得公允性的资料。
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