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（一）备案资料
按照以上理解的5类来准备。
（二）几个需要注意的问题
1、多家企业收购标的公司的股权，也应当视作符合条件。
多家企业收购一家企业，只要被收购股权综合不少于75%，也算符合特殊重组条件。例如：某企业购买被收购企业股权50%，30%股份则由其子公司来购买，这样的购买方式也符合75%比例限制。
2、假设收购企业已经拥有被收购企业70%股权，要收购剩余的30%股权，是否符合特殊重组条件呢？
如前述，笔者以为不符合条件。但是，据说总局正在研究该问题，李宁，一切皆有可能！总局不按照常理出牌，太正常了！
3、收购企业收购股权即使没有达到75%，但是已经达到法律法规列明最高限制股权的限制，是否认为符合条件？
在讨论稿中，曾经认为这种情形也符合条件，正式公布的《4号公告》没有提及此事，说明仍然还是要坚持75%的股权比例要求。
例如：2008年10月1日前，外资对于广告业最多控股70%，再比如单家外资投资金融机构最高不得超过20%的控股比例，多家合计不得超过25%，汇丰银行控股交行19.9%
（三）股权收购操作模式之一：定向增发。
例如：2009年6月5日，江西诚志股份向石家庄永生华清与清华控股定向增发股票2704万股，以购买两家企业100%控股的石家庄永生华清液晶有限公司以及石家庄开发区永生华清液晶有限公司100%股权，两家控股企业初始投资成本为6100万元（即：标的公司的实收资本），定向增发价格按照诚志股份首次董事会审议前20个交易日的平均价格确定，其公允价值为34,671.58 万元。
该项重组业务，是标准的股权收购，即：上市公司诚志股份用自己的股份作为对价，购买两家控股企业持有的100%股权。如果选用特殊性税务处理：
1、石家庄永生华清和清华控股，暂不确认转让股权所得；
2、收购企业诚志股份取得的标的公司股权你的计税基础按照其原计税基础6100万元确定；
3、转让企业取得诚志股份股票的计税基础，也按照被收购股权的原有计税基础确定。
4、标的企业承诺自重组完成日起，12个月内不改变实质性经营业务；
5、取得诚志股份的原主要股东石家庄永生华清和清华控股承诺在12个月内不转让其取得的股票，这也是证监会对新增限售股的要求。
（四）定向增发采取特殊性税务处理不会重复纳税。
有一种观点认为，定向增发采取特殊性税务处理后，看似所得递延，实际上却重复纳税了。例如：
A公司定向增发购买b公司全资控股的子公司B公司100%股权，b公司长期股权投资的计税基础为6亿元， 经评估后B公司净资产公允价值为10亿元，经重组主导方B公司协商，双方一致采取特殊性税务处理或一般性税务处理。
（1）b公司的所得。b公司应该确认所得10-6=4亿元，但是特殊性税务处理，不确认该项所得；
如果一般性税务处理，实现所得4亿元，应该缴纳企业所得税。
（2）A公司取得标的公司的计税基础。如果采取特殊性税务处理，A公司取得B公司股权的计税基础按照被收购股权的原计税基础确定，即：6亿元；
如果采取一般性税务处理，A公司取得B公司股权的计税基础按照10亿元确认。
（3）B公司取得A公司股票的计税基础。如果采取特殊性税务处理，b公司取得A公司股票的计税基础，按照被收购股权的原计税基础确定，即6亿元。
采取一般性税务处理，b公司取得A公司股票的计税基础，按照被收购股权的公允价值10亿元确认。
（4）一般性税务处理的后续处理
假设双方采取一般性税务处理，b公司将其取得的A公司100%股票转让，转让价格为其公允价值10亿元，其计税基础也为10亿元，本次转让无所得；
A公司将取得的长期股权投资—B销售，销售价格为公允价值10亿元，计税基础也为10亿元，本次转让无所得；
结论：采取一般性税务处理后，发生再次转让，无所得产生。即，只产生了第一次一般性税务处理的一次所得4亿元，缴了一次税。
（5）特殊性税务处理的后续处理
特殊性税务处理下，b公司将本应由其实现的4亿元所得递延到了A公司。假设，A公司将取得的长期股权投资—B销售给C公司，销售价格为公允价值10亿元，实现所得4亿元。即：本应由b公司实现的所得递延到了A公司。
如果，b公司12个月也将取得的A公司股票转让给D公司，假设转让价格依然为10亿元，其计税基础同样为6亿元，则实现所得4亿元。
结论：特殊性税务处理下，后续处理资产，产生了两次所得4亿元。
（6）普遍的疑问
采取特殊性税务处理，只是递延纳税，后续处理却缴纳了两次税，而一般性税务处理，虽然先缴税，只是缴纳了一次税。
疑问：特殊性税务处理，如果规定A公司取得B公司股权按照原计税基础确定，有重复纳税因素？因此，应该改为A公司取得B公司股权（或资产）的计税基础按照公允价值确定，则只有一次增值。
（7）59号文件的规定并未重复纳税。
原因：A公司将取得的股权（资产）销售给C后，实现了4亿元所得，缴纳企业所得税1亿元，形成未分配利润3亿元，该项未分配利润应该归属于新近取得A公司股权的D公司所有。假设A公司分红给D公司，居民企业之间取得符合条件的股息红利所得，不缴纳企业所得税。
假设D公司取得未分配利润3亿元后，又将取得的A公司股权转让给E公司，则转让价格只能卖6亿元，因为其购买股权的时候含有的利润已经实际取得，D公司10亿元购买的股权，取得了利润3亿元，转让股权6亿元。转让价格6亿元-10亿元=-4亿元，形成了4亿元亏损，股权投资损失根据国税发[2009]88号文件，经过批准后可以抵扣应纳税所得额，该企业亏损抵税1亿元。
如果，A公司一直未分红，A公司清算时，其未分配利润和盈余公积可以抵扣D公司取得的剩余资产价值，依然提供了4亿元亏损的机会。
总结：在制定重组政策时，已经打破了法人税制的原则，所得在股东层面递延结转，因此是否重复纳税要看参与重组各方合计纳税情况。
第一次，b公司转让B公司的股权给A,不实现所得；第二次，A公司转让B公司股权给C公司，实现所得4亿元；第三次，b公司转让其取得A公司的股票给D公司，实现所得4亿元；第四次，D公司分红后，将取得A公司的股票转让给E公司，产生4亿元亏损抵税的机会。
综合下来1次不纳税，2次缴税，1次亏损。在股东层面就该重组最终缴税依然是只缴纳了一次
特殊性税务处理只是递延纳税，最终既不会多缴税，也不会少缴税。其奥妙就在于股息红利所得免税，但是可以抵应税所得。目前上海市场上出现所谓“避税分红式基金”，即是此原理。
（8）关于转让股权隐含的股息红利纳税问题
2008年以前内资企业：
2008年以前外资企业：
2008年以后：
（9）疑问：有专家认为最终纳税主体不同，59号文件政策依然存在问题。
回应：59号文件特殊性税务处理的本质就是将纳税责任在 不同纳税主体之间递延流转，何况特殊性税务处理不是强制的，而是可选择性的。
在特殊性税务处理条件下，如果允许A公司取得B公司股权按照公允价值作为计税基础，将产生巨大税收漏洞。尤其是在资产收购的情况下，资产转让一方不纳税，资产收购一方却凭空增加了计税基础，这样的税收漏洞是 不可取的。
（10）以上问题的分析，同样适用于资产收购。股权也是一种资产，股权收购和资产收购的经济本质是一样的。
（五）关于以上问题的政策沿革。
国税发[2000]118号文件第四条：转让企业取得接受企业的股权的成本，应以其原持有的资产的账面净值为基础确定，不得以经评估确认的价值为基础确定。
接受企业接受转让企业的资产的成本，须以其在转让企业原账面净值为基础结转确定，不得按经评估确认的价值调整。
2、国税发[2003]45号文件，基于以上理由，认为存在重复纳税因素，因此改为：取得资产的计税基础按照公允价值确定。
国税发[2003]45号文件第六条第二款：符合《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发〔2000〕118号）第四条第（二）款规定转让企业暂不确认资产转让所得或损失的整体资产转让改组，接受企业取得的转让企业的资产的成本，可以按评估确认价值确定，不需要进行纳税调整。
3、财税[2009]59号文件拨乱反正，资产收购和股权收购中取得标的自查哪一方，按照取得股权（资产）的原计税基础确定。其理由如上述分析。
（六）以控股企业的股权支付情况下的股权收购税务处理（即：换股）
4号公告第六条将控股公司解释为：本企业直接持有股份的企业。使得59号文件的适用范围大大扩展。
例如：A公司准备购买b公司全资持有的子公司B公司股权，b公司持有B公司股权的计税基础为5亿元，公允价值为10亿元；A公司以其持有子公司C公司40%的股权支付，其计税基础为4亿元，公允价值也为10亿元。根据4号公告第六条，这种支付符合股权支付额条件，可以适用特殊性税务处理：
1、b公司隐含增值不必得到实现，而是递延到A公司。b公司转让全资子公司B公司股权，计税基础为5亿元，公允价值为10亿元，其持有的长期股权投资有隐含增值5亿元，不必得到实现。
2、A公司取得B公司股权的计税基础。
59号文件表述：收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
这里的被收购股权，应该为b持有的B公司的股权，不能认为互为收购，将这里的股权认为是A公司持有的C公司40%的股权，因为59号文件中的被收购企业股权比例要求达到75%，而A公司持有股权比例只有40%，将其牵强理解为互为收购是说不过去的。
因此，按照59号文件表述，A公司取得B公司的计税基础应该是被收购股权的原有计税基础5亿元确认。但是，这显然不符合逻辑，在特殊性税务处理条件下，b公司转让股权没有实现所得，A公司换出资产的计税基础4亿元，却要转换为5亿元，违反了非货币性资产交易原则的基本原则，非常搞笑，也是不可能的。
因此，A公司取得B公司股权的计税基础，仍然应该按照非货币性资产交易旧准则的办法，在不确认所得的情况下，换入资产的账面价值等于换出资产的账面价值，即：A公司取得B公司股权为4亿元而非5亿元。
在4号公告第六条将控股企业的概念解释为本企业直接持有股份的企业后，由于以子公司股权作为对价的普遍存在，这里的计税基础，在立法上应该分为两类：第一，以自己的股权支付，则取得收购股权（资产）的计税基础，按照收购资产（股权）的原计税基础确定；第二，以控股企业股权支付的，以支付对价股权的原有计税基础确定。
如果，财政部和总局不打算协调修改文件，则次之，可以发文件牵强解释被收购股权的概念，解释为互为收购，虽然不符合逻辑，但是勉强解决问题。
3、b公司取得A公司股票的计税基础。
按照被收购股权（资产）的原有计税基础，即：5亿元确认。这一点无论是以自己的股权支付（定向增发），还是以本公司直接持有的股份支付，都没有异议。
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